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Optimizacion de Salvado de Spectros...
Optimizacion de Salvado de Spectros Modificacion al calculo de Spectros, considera nProfiles y nFFTPoints Correcciones al modulode escritura de spectros (archivos pdata)
Daniel Valdez - - Load All Authors

File last commit:

r404:334499cc45be
r404:334499cc45be
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jrodataIO.py
3377 lines | 106.1 KiB | text/x-python | PythonLexer
/ schainpy / model / jrodataIO.py
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Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 '''
$Author: murco $
$Id: JRODataIO.py 169 2012-11-19 21:57:03Z murco $
'''
import os, sys
import glob
import time
import numpy
import fnmatch
import time, datetime
Daniel Valdez
Se importa modulo ElementTree a jrodataIO para leer archivo de configuracion FITS
 r352 from xml.etree.ElementTree import Element, SubElement, ElementTree
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 try:
import pyfits
except:
print "pyfits module has not been imported, it should be installed to save files in fits format"
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Actulizacion de nombres en minusculas al importarlos en los modulos
 r178 from jrodata import *
from jroheaderIO import *
Miguel Valdez
Controlador de Signal Chain finalizado....
 r197 from jroprocessing import *
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 LOCALTIME = True #-18000
Miguel Valdez
jrodataIO.py: Adicion del parametro LOCALTIME para la lectura de datos....
 r234
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 def isNumber(str):
"""
Chequea si el conjunto de caracteres que componen un string puede ser convertidos a un numero.
Excepciones:
Si un determinado string no puede ser convertido a numero
Input:
str, string al cual se le analiza para determinar si convertible a un numero o no
Return:
True : si el string es uno numerico
False : no es un string numerico
"""
try:
float( str )
return True
except:
return False
def isThisFileinRange(filename, startUTSeconds, endUTSeconds):
"""
Esta funcion determina si un archivo de datos se encuentra o no dentro del rango de fecha especificado.
Inputs:
filename : nombre completo del archivo de datos en formato Jicamarca (.r)
startUTSeconds : fecha inicial del rango seleccionado. La fecha esta dada en
segundos contados desde 01/01/1970.
endUTSeconds : fecha final del rango seleccionado. La fecha esta dada en
segundos contados desde 01/01/1970.
Return:
Boolean : Retorna True si el archivo de datos contiene datos en el rango de
fecha especificado, de lo contrario retorna False.
Excepciones:
Si el archivo no existe o no puede ser abierto
Si la cabecera no puede ser leida.
"""
Miguel Valdez
jrodataIO.py: Adicion del parametro LOCALTIME para la lectura de datos....
 r234 basicHeaderObj = BasicHeader(LOCALTIME)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
try:
fp = open(filename,'rb')
except:
raise IOError, "The file %s can't be opened" %(filename)
sts = basicHeaderObj.read(fp)
fp.close()
if not(sts):
print "Skipping the file %s because it has not a valid header" %(filename)
return 0
if not ((startUTSeconds <= basicHeaderObj.utc) and (endUTSeconds > basicHeaderObj.utc)):
return 0
return 1
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 def isFileinThisTime(filename, startTime, endTime):
"""
Retorna 1 si el archivo de datos se encuentra dentro del rango de horas especificado.
Inputs:
filename : nombre completo del archivo de datos en formato Jicamarca (.r)
startTime : tiempo inicial del rango seleccionado en formato datetime.time
endTime : tiempo final del rango seleccionado en formato datetime.time
Return:
Boolean : Retorna True si el archivo de datos contiene datos en el rango de
fecha especificado, de lo contrario retorna False.
Excepciones:
Si el archivo no existe o no puede ser abierto
Si la cabecera no puede ser leida.
"""
try:
fp = open(filename,'rb')
except:
raise IOError, "The file %s can't be opened" %(filename)
Miguel Valdez
jrodataIO.py: Adicion del parametro LOCALTIME para la lectura de datos....
 r234 basicHeaderObj = BasicHeader(LOCALTIME)
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 sts = basicHeaderObj.read(fp)
fp.close()
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 thisDatetime = basicHeaderObj.datatime
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 thisTime = basicHeaderObj.datatime.time()
if not(sts):
print "Skipping the file %s because it has not a valid header" %(filename)
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 return None
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
if not ((startTime <= thisTime) and (endTime > thisTime)):
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 return None
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 return thisDatetime
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 def getFileFromSet(path,ext,set):
validFilelist = []
fileList = os.listdir(path)
# 0 1234 567 89A BCDE
# H YYYY DDD SSS .ext
for file in fileList:
try:
year = int(file[1:5])
doy = int(file[5:8])
except:
continue
if (os.path.splitext(file)[-1].lower() != ext.lower()):
continue
validFilelist.append(file)
myfile = fnmatch.filter(validFilelist,'*%4.4d%3.3d%3.3d*'%(year,doy,set))
if len(myfile)!= 0:
return myfile[0]
else:
filename = '*%4.4d%3.3d%3.3d%s'%(year,doy,set,ext.lower())
print 'the filename %s does not exist'%filename
print '...going to the last file: '
if validFilelist:
validFilelist = sorted( validFilelist, key=str.lower )
return validFilelist[-1]
return None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 def getlastFileFromPath(path, ext):
"""
Depura el fileList dejando solo los que cumplan el formato de "PYYYYDDDSSS.ext"
al final de la depuracion devuelve el ultimo file de la lista que quedo.
Input:
fileList : lista conteniendo todos los files (sin path) que componen una determinada carpeta
ext : extension de los files contenidos en una carpeta
Return:
El ultimo file de una determinada carpeta, no se considera el path.
"""
validFilelist = []
fileList = os.listdir(path)
# 0 1234 567 89A BCDE
# H YYYY DDD SSS .ext
for file in fileList:
try:
year = int(file[1:5])
doy = int(file[5:8])
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 except:
continue
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
if (os.path.splitext(file)[-1].lower() != ext.lower()):
continue
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 validFilelist.append(file)
if validFilelist:
validFilelist = sorted( validFilelist, key=str.lower )
return validFilelist[-1]
return None
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 def checkForRealPath(path, foldercounter, year, doy, set, ext):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 """
Por ser Linux Case Sensitive entonces checkForRealPath encuentra el nombre correcto de un path,
Prueba por varias combinaciones de nombres entre mayusculas y minusculas para determinar
el path exacto de un determinado file.
Example :
nombre correcto del file es .../.../D2009307/P2009307367.ext
Entonces la funcion prueba con las siguientes combinaciones
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 .../.../y2009307367.ext
.../.../Y2009307367.ext
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 .../.../x2009307/y2009307367.ext
.../.../x2009307/Y2009307367.ext
.../.../X2009307/y2009307367.ext
.../.../X2009307/Y2009307367.ext
siendo para este caso, la ultima combinacion de letras, identica al file buscado
Return:
Si encuentra la cobinacion adecuada devuelve el path completo y el nombre del file
caso contrario devuelve None como path y el la ultima combinacion de nombre en mayusculas
para el filename
"""
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 fullfilename = None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 find_flag = False
filename = None
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
prefixDirList = [None,'d','D']
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 if ext.lower() == ".r": #voltage
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 prefixFileList = ['d','D']
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 elif ext.lower() == ".pdata": #spectra
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 prefixFileList = ['p','P']
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 else:
return None, filename
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
#barrido por las combinaciones posibles
for prefixDir in prefixDirList:
thispath = path
if prefixDir != None:
#formo el nombre del directorio xYYYYDDD (x=d o x=D)
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 if foldercounter == 0:
thispath = os.path.join(path, "%s%04d%03d" % ( prefixDir, year, doy ))
else:
thispath = os.path.join(path, "%s%04d%03d_%02d" % ( prefixDir, year, doy , foldercounter))
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 for prefixFile in prefixFileList: #barrido por las dos combinaciones posibles de "D"
filename = "%s%04d%03d%03d%s" % ( prefixFile, year, doy, set, ext ) #formo el nombre del file xYYYYDDDSSS.ext
fullfilename = os.path.join( thispath, filename ) #formo el path completo
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 if os.path.exists( fullfilename ): #verifico que exista
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 find_flag = True
break
if find_flag:
break
if not(find_flag):
return None, filename
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 return fullfilename, filename
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Bug fixed: Seleccion de directorio al leer en linea
 r294 def isDoyFolder(folder):
try:
year = int(folder[1:5])
except:
return 0
try:
doy = int(folder[5:8])
except:
return 0
Miguel Valdez
Bug fixed: Seleccion de directorio al leer en linea
 r297
Miguel Valdez
Bug fixed: Seleccion de directorio al leer en linea
 r294 return 1
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 class JRODataIO:
c = 3E8
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 isConfig = False
Miguel Valdez
Adicion del metodo run a la clase jrodataio
 r176
Miguel Valdez
jrodataIO.py: Adicion del parametro LOCALTIME para la lectura de datos....
 r234 basicHeaderObj = BasicHeader(LOCALTIME)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
systemHeaderObj = SystemHeader()
radarControllerHeaderObj = RadarControllerHeader()
processingHeaderObj = ProcessingHeader()
online = 0
dtype = None
pathList = []
filenameList = []
filename = None
ext = None
flagIsNewFile = 1
flagTimeBlock = 0
flagIsNewBlock = 0
fp = None
firstHeaderSize = 0
basicHeaderSize = 24
versionFile = 1103
fileSize = None
ippSeconds = None
fileSizeByHeader = None
fileIndex = None
profileIndex = None
blockIndex = None
nTotalBlocks = None
maxTimeStep = 30
lastUTTime = None
datablock = None
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 dataOut = None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
blocksize = None
def __init__(self):
Miguel Valdez
Bug en JRODataReader: El metodo run llamaba al metodo putData en vez de llamar al metodo getData
 r177
raise ValueError, "Not implemented"
def run(self):
raise ValueError, "Not implemented"
Daniel Valdez
En graphics:...
 r192 def getOutput(self):
Miguel Valdez
jroprocessing:...
 r191
return self.dataOut
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Controlador de Signal Chain finalizado....
 r197 class JRODataReader(JRODataIO, ProcessingUnit):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
nReadBlocks = 0
Daniel Valdez
Se agrega el metodo waitNewBoclk para lectura online
 r216 delay = 10 #number of seconds waiting a new file
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
nTries = 3 #quantity tries
nFiles = 3 #number of files for searching
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 path = None
foldercounter = 0
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199 flagNoMoreFiles = 0
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Visualiza los archivos encontrados y la fecha de cada uno de ellos.
 r324 datetimeList = []
Daniel Valdez
Se agrega el metodo __jumpToLastBlock para saltar al ultimo bloque datos (solo lectura online). Faltan hacer pruebas con el sistema de adquisicion operando en linea.
 r321 __isFirstTimeOnline = 1
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 __printInfo = True
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 profileIndex = None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 def __init__(self):
"""
"""
raise ValueError, "This method has not been implemented"
def createObjByDefault(self):
"""
"""
raise ValueError, "This method has not been implemented"
def getBlockDimension(self):
raise ValueError, "No implemented"
def __searchFilesOffLine(self,
path,
startDate,
endDate,
startTime=datetime.time(0,0,0),
endTime=datetime.time(23,59,59),
set=None,
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 expLabel='',
ext='.r',
walk=True):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 pathList = []
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 if not walk:
pathList.append(path)
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 else:
dirList = []
for thisPath in os.listdir(path):
Miguel Valdez
Bug fixed: Seleccion de directorio al leer en linea
 r294 if not os.path.isdir(os.path.join(path,thisPath)):
continue
if not isDoyFolder(thisPath):
continue
dirList.append(thisPath)
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
if not(dirList):
return None, None
thisDate = startDate
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 while(thisDate <= endDate):
year = thisDate.timetuple().tm_year
doy = thisDate.timetuple().tm_yday
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 matchlist = fnmatch.filter(dirList, '?' + '%4.4d%3.3d' % (year,doy) + '*')
if len(matchlist) == 0:
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 thisDate += datetime.timedelta(1)
continue
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 for match in matchlist:
pathList.append(os.path.join(path,match,expLabel))
Miguel Valdez
Visualiza los archivos encontrados y la fecha de cada uno de ellos.
 r324
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 thisDate += datetime.timedelta(1)
Miguel Valdez
r231 if pathList == []:
Miguel Valdez
Se modifico la forma de calcular la phase de la coherencia
 r264 print "Any folder was found for the date range: %s-%s" %(startDate, endDate)
Miguel Valdez
r231 return None, None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Visualiza los archivos encontrados y la fecha de cada uno de ellos.
 r324 print "%d folder(s) was(were) found for the date range: %s - %s" %(len(pathList), startDate, endDate)
Miguel Valdez
r231
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 filenameList = []
Miguel Valdez
Visualiza los archivos encontrados y la fecha de cada uno de ellos.
 r324 datetimeList = []
for i in range(len(pathList)):
thisPath = pathList[i]
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
fileList = glob.glob1(thisPath, "*%s" %ext)
fileList.sort()
for file in fileList:
filename = os.path.join(thisPath,file)
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 thisDatetime = isFileinThisTime(filename, startTime, endTime)
Miguel Valdez
Visualiza los archivos encontrados y la fecha de cada uno de ellos.
 r324
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 if not(thisDatetime):
Miguel Valdez
Visualiza los archivos encontrados y la fecha de cada uno de ellos.
 r324 continue
filenameList.append(filename)
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 datetimeList.append(thisDatetime)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
if not(filenameList):
Miguel Valdez
Se modifico la forma de calcular la phase de la coherencia
 r264 print "Any file was found for the time range %s - %s" %(startTime, endTime)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 return None, None
Miguel Valdez
Se modifico la forma de calcular la phase de la coherencia
 r264
print "%d file(s) was(were) found for the time range: %s - %s" %(len(filenameList), startTime, endTime)
Miguel Valdez
Visualiza los archivos encontrados y la fecha de cada uno de ellos.
 r324 print
for i in range(len(filenameList)):
print "%s -> [%s]" %(filenameList[i], datetimeList[i].ctime())
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.filenameList = filenameList
Miguel Valdez
Visualiza los archivos encontrados y la fecha de cada uno de ellos.
 r324 self.datetimeList = datetimeList
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
return pathList, filenameList
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 def __searchFilesOnLine(self, path, expLabel = "", ext = None, walk=True, set=None):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
"""
Busca el ultimo archivo de la ultima carpeta (determinada o no por startDateTime) y
devuelve el archivo encontrado ademas de otros datos.
Input:
path : carpeta donde estan contenidos los files que contiene data
expLabel : Nombre del subexperimento (subfolder)
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 ext : extension de los files
walk : Si es habilitado no realiza busquedas dentro de los ubdirectorios (doypath)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Return:
directory : eL directorio donde esta el file encontrado
filename : el ultimo file de una determinada carpeta
year : el anho
doy : el numero de dia del anho
set : el set del archivo
"""
dirList = []
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 if not walk:
fullpath = path
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 foldercounter = 0
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 else:
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 #Filtra solo los directorios
for thisPath in os.listdir(path):
Miguel Valdez
Bug fixed: Seleccion de directorio al leer en linea
 r296 if not os.path.isdir(os.path.join(path,thisPath)):
continue
if not isDoyFolder(thisPath):
continue
Miguel Valdez
Bug fixed: Seleccion de directorio al leer en linea
 r297
dirList.append(thisPath)
Miguel Valdez
mensajes en la busqueda de datos en linea agregados
 r292
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 if not(dirList):
Daniel Valdez
Se agrega a JROData el flag realtime, para este caso se da prioridad al procesamiento de datos. Los graficos se generan solo cuando el tiempo de procesamiento es cercano al tiempo de adquisición.
 r360 return None, None, None, None, None, None
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
dirList = sorted( dirList, key=str.lower )
doypath = dirList[-1]
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 foldercounter = int(doypath.split('_')[1]) if len(doypath.split('_'))>1 else 0
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 fullpath = os.path.join(path, doypath, expLabel)
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332
Miguel Valdez
mensajes en la busqueda de datos en linea agregados
 r292
Miguel Valdez
Bug fixed: mensajes en la busqueda de datos en linea agregados
 r293 print "%s folder was found: " %(fullpath )
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 if set == None:
filename = getlastFileFromPath(fullpath, ext)
else:
filename = getFileFromSet(fullpath, ext, set)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
if not(filename):
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 return None, None, None, None, None, None
Miguel Valdez
mensajes en la busqueda de datos en linea agregados
 r292
print "%s file was found" %(filename)
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 if not(self.__verifyFile(os.path.join(fullpath, filename))):
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 return None, None, None, None, None, None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
year = int( filename[1:5] )
doy = int( filename[5:8] )
set = int( filename[8:11] )
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 return fullpath, foldercounter, filename, year, doy, set
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def __setNextFileOffline(self):
idFile = self.fileIndex
while (True):
idFile += 1
if not(idFile < len(self.filenameList)):
self.flagNoMoreFiles = 1
print "No more Files"
return 0
filename = self.filenameList[idFile]
if not(self.__verifyFile(filename)):
continue
fileSize = os.path.getsize(filename)
fp = open(filename,'rb')
break
self.flagIsNewFile = 1
self.fileIndex = idFile
self.filename = filename
self.fileSize = fileSize
self.fp = fp
print "Setting the file: %s"%self.filename
return 1
def __setNextFileOnline(self):
"""
Busca el siguiente file que tenga suficiente data para ser leida, dentro de un folder especifico, si
no encuentra un file valido espera un tiempo determinado y luego busca en los posibles n files
siguientes.
Affected:
self.flagIsNewFile
self.filename
self.fileSize
self.fp
self.set
self.flagNoMoreFiles
Return:
0 : si luego de una busqueda del siguiente file valido este no pudo ser encontrado
1 : si el file fue abierto con exito y esta listo a ser leido
Excepciones:
Si un determinado file no puede ser abierto
"""
nFiles = 0
fileOk_flag = False
firstTime_flag = True
self.set += 1
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 if self.set > 999:
self.set = 0
self.foldercounter += 1
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 #busca el 1er file disponible
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 fullfilename, filename = checkForRealPath( self.path, self.foldercounter, self.year, self.doy, self.set, self.ext )
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 if fullfilename:
if self.__verifyFile(fullfilename, False):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 fileOk_flag = True
#si no encuentra un file entonces espera y vuelve a buscar
if not(fileOk_flag):
for nFiles in range(self.nFiles+1): #busco en los siguientes self.nFiles+1 files posibles
if firstTime_flag: #si es la 1era vez entonces hace el for self.nTries veces
tries = self.nTries
else:
tries = 1 #si no es la 1era vez entonces solo lo hace una vez
for nTries in range( tries ):
if firstTime_flag:
print "\tWaiting %0.2f sec for the file \"%s\" , try %03d ..." % ( self.delay, filename, nTries+1 )
time.sleep( self.delay )
else:
print "\tSearching next \"%s%04d%03d%03d%s\" file ..." % (self.optchar, self.year, self.doy, self.set, self.ext)
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 fullfilename, filename = checkForRealPath( self.path, self.foldercounter, self.year, self.doy, self.set, self.ext )
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 if fullfilename:
if self.__verifyFile(fullfilename):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 fileOk_flag = True
break
if fileOk_flag:
break
firstTime_flag = False
print "\tSkipping the file \"%s\" due to this file doesn't exist" % filename
self.set += 1
if nFiles == (self.nFiles-1): #si no encuentro el file buscado cambio de carpeta y busco en la siguiente carpeta
self.set = 0
self.doy += 1
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 self.foldercounter = 0
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
if fileOk_flag:
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 self.fileSize = os.path.getsize( fullfilename )
self.filename = fullfilename
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.flagIsNewFile = 1
if self.fp != None: self.fp.close()
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 self.fp = open(fullfilename, 'rb')
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.flagNoMoreFiles = 0
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 print 'Setting the file: %s' % fullfilename
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 else:
self.fileSize = 0
self.filename = None
self.flagIsNewFile = 0
self.fp = None
self.flagNoMoreFiles = 1
print 'No more Files'
return fileOk_flag
def setNextFile(self):
if self.fp != None:
self.fp.close()
if self.online:
newFile = self.__setNextFileOnline()
else:
newFile = self.__setNextFileOffline()
if not(newFile):
return 0
self.__readFirstHeader()
self.nReadBlocks = 0
return 1
Daniel Valdez
Se agrega el metodo waitNewBoclk para lectura online
 r216 def __waitNewBlock(self):
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 """
Return 1 si se encontro un nuevo bloque de datos, 0 de otra forma.
Si el modo de lectura es OffLine siempre retorn 0
"""
Daniel Valdez
Se agrega el metodo waitNewBoclk para lectura online
 r216 if not self.online:
return 0
if (self.nReadBlocks >= self.processingHeaderObj.dataBlocksPerFile):
return 0
currentPointer = self.fp.tell()
neededSize = self.processingHeaderObj.blockSize + self.basicHeaderSize
for nTries in range( self.nTries ):
self.fp.close()
self.fp = open( self.filename, 'rb' )
self.fp.seek( currentPointer )
self.fileSize = os.path.getsize( self.filename )
currentSize = self.fileSize - currentPointer
if ( currentSize >= neededSize ):
self.__rdBasicHeader()
return 1
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 if self.fileSize == self.fileSizeByHeader:
# self.flagEoF = True
return 0
Daniel Valdez
Se agrega el metodo waitNewBoclk para lectura online
 r216 print "\tWaiting %0.2f seconds for the next block, try %03d ..." % (self.delay, nTries+1)
time.sleep( self.delay )
Daniel Valdez
Se agrega el metodo __jumpToLastBlock para saltar al ultimo bloque datos (solo lectura online). Faltan hacer pruebas con el sistema de adquisicion operando en linea.
 r321 return 0
def __jumpToLastBlock(self):
if not(self.__isFirstTimeOnline):
return
csize = self.fileSize - self.fp.tell()
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 blocksize = self.processingHeaderObj.blockSize
Daniel Valdez
Se agrega el metodo __jumpToLastBlock para saltar al ultimo bloque datos (solo lectura online). Faltan hacer pruebas con el sistema de adquisicion operando en linea.
 r321
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 #salta el primer bloque de datos
Daniel Valdez
Se agrega el metodo __jumpToLastBlock para saltar al ultimo bloque datos (solo lectura online). Faltan hacer pruebas con el sistema de adquisicion operando en linea.
 r321 if csize > self.processingHeaderObj.blockSize:
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 self.fp.seek(self.fp.tell() + blocksize)
Daniel Valdez
Se agrega el metodo __jumpToLastBlock para saltar al ultimo bloque datos (solo lectura online). Faltan hacer pruebas con el sistema de adquisicion operando en linea.
 r321 else:
return
csize = self.fileSize - self.fp.tell()
neededsize = self.processingHeaderObj.blockSize + self.basicHeaderSize
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 while True:
if self.fp.tell()<self.fileSize:
self.fp.seek(self.fp.tell() + neededsize)
else:
self.fp.seek(self.fp.tell() - neededsize)
break
# csize = self.fileSize - self.fp.tell()
# neededsize = self.processingHeaderObj.blockSize + self.basicHeaderSize
# factor = int(csize/neededsize)
# if factor > 0:
# self.fp.seek(self.fp.tell() + factor*neededsize)
Daniel Valdez
Se agrega el metodo __jumpToLastBlock para saltar al ultimo bloque datos (solo lectura online). Faltan hacer pruebas con el sistema de adquisicion operando en linea.
 r321
self.flagIsNewFile = 0
self.__isFirstTimeOnline = 0
Daniel Valdez
Se agrega el metodo waitNewBoclk para lectura online
 r216
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 def __setNewBlock(self):
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 if self.fp == None:
return 0
Daniel Valdez
Se agrega el metodo __jumpToLastBlock para saltar al ultimo bloque datos (solo lectura online). Faltan hacer pruebas con el sistema de adquisicion operando en linea.
 r321
if self.online:
self.__jumpToLastBlock()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 if self.flagIsNewFile:
return 1
self.lastUTTime = self.basicHeaderObj.utc
currentSize = self.fileSize - self.fp.tell()
neededSize = self.processingHeaderObj.blockSize + self.basicHeaderSize
if (currentSize >= neededSize):
self.__rdBasicHeader()
return 1
Daniel Valdez
Se agrega el metodo waitNewBoclk para lectura online
 r216
if self.__waitNewBlock():
return 1
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
if not(self.setNextFile()):
return 0
deltaTime = self.basicHeaderObj.utc - self.lastUTTime #
Daniel Valdez
Se agrega el metodo __jumpToLastBlock para saltar al ultimo bloque datos (solo lectura online). Faltan hacer pruebas con el sistema de adquisicion operando en linea.
 r321
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.flagTimeBlock = 0
if deltaTime > self.maxTimeStep:
self.flagTimeBlock = 1
return 1
def readNextBlock(self):
if not(self.__setNewBlock()):
return 0
if not(self.readBlock()):
return 0
return 1
def __rdProcessingHeader(self, fp=None):
if fp == None:
fp = self.fp
self.processingHeaderObj.read(fp)
def __rdRadarControllerHeader(self, fp=None):
if fp == None:
fp = self.fp
self.radarControllerHeaderObj.read(fp)
def __rdSystemHeader(self, fp=None):
if fp == None:
fp = self.fp
self.systemHeaderObj.read(fp)
def __rdBasicHeader(self, fp=None):
if fp == None:
fp = self.fp
self.basicHeaderObj.read(fp)
def __readFirstHeader(self):
self.__rdBasicHeader()
self.__rdSystemHeader()
self.__rdRadarControllerHeader()
self.__rdProcessingHeader()
self.firstHeaderSize = self.basicHeaderObj.size
datatype = int(numpy.log2((self.processingHeaderObj.processFlags & PROCFLAG.DATATYPE_MASK))-numpy.log2(PROCFLAG.DATATYPE_CHAR))
if datatype == 0:
datatype_str = numpy.dtype([('real','<i1'),('imag','<i1')])
elif datatype == 1:
datatype_str = numpy.dtype([('real','<i2'),('imag','<i2')])
elif datatype == 2:
datatype_str = numpy.dtype([('real','<i4'),('imag','<i4')])
elif datatype == 3:
datatype_str = numpy.dtype([('real','<i8'),('imag','<i8')])
elif datatype == 4:
datatype_str = numpy.dtype([('real','<f4'),('imag','<f4')])
elif datatype == 5:
datatype_str = numpy.dtype([('real','<f8'),('imag','<f8')])
else:
raise ValueError, 'Data type was not defined'
self.dtype = datatype_str
self.ippSeconds = 2 * 1000 * self.radarControllerHeaderObj.ipp / self.c
self.fileSizeByHeader = self.processingHeaderObj.dataBlocksPerFile * self.processingHeaderObj.blockSize + self.firstHeaderSize + self.basicHeaderSize*(self.processingHeaderObj.dataBlocksPerFile - 1)
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 # self.dataOut.channelList = numpy.arange(self.systemHeaderObj.numChannels)
# self.dataOut.channelIndexList = numpy.arange(self.systemHeaderObj.numChannels)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.getBlockDimension()
def __verifyFile(self, filename, msgFlag=True):
msg = None
try:
fp = open(filename, 'rb')
currentPosition = fp.tell()
except:
if msgFlag:
print "The file %s can't be opened" % (filename)
return False
neededSize = self.processingHeaderObj.blockSize + self.firstHeaderSize
if neededSize == 0:
Miguel Valdez
jrodataIO.py: Adicion del parametro LOCALTIME para la lectura de datos....
 r234 basicHeaderObj = BasicHeader(LOCALTIME)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 systemHeaderObj = SystemHeader()
radarControllerHeaderObj = RadarControllerHeader()
processingHeaderObj = ProcessingHeader()
try:
Miguel Valdez
Bux fixed: Se modifico el tipo de dato ainteger al leer el codigo en el RadarControllerHeader
 r218 if not( basicHeaderObj.read(fp) ): raise IOError
if not( systemHeaderObj.read(fp) ): raise IOError
if not( radarControllerHeaderObj.read(fp) ): raise IOError
if not( processingHeaderObj.read(fp) ): raise IOError
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 data_type = int(numpy.log2((processingHeaderObj.processFlags & PROCFLAG.DATATYPE_MASK))-numpy.log2(PROCFLAG.DATATYPE_CHAR))
neededSize = processingHeaderObj.blockSize + basicHeaderObj.size
except:
if msgFlag:
print "\tThe file %s is empty or it hasn't enough data" % filename
fp.close()
return False
else:
msg = "\tSkipping the file %s due to it hasn't enough data" %filename
fp.close()
fileSize = os.path.getsize(filename)
currentSize = fileSize - currentPosition
if currentSize < neededSize:
if msgFlag and (msg != None):
print msg #print"\tSkipping the file %s due to it hasn't enough data" %filename
return False
return True
Miguel Valdez
Controlador de Signal Chain finalizado....
 r197 def setup(self,
path=None,
startDate=None,
endDate=None,
startTime=datetime.time(0,0,0),
endTime=datetime.time(23,59,59),
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 set=None,
Miguel Valdez
Controlador de Signal Chain finalizado....
 r197 expLabel = "",
ext = None,
online = False,
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 delay = 60,
walk = True):
Miguel Valdez
Controlador de Signal Chain finalizado....
 r197
if path == None:
raise ValueError, "The path is not valid"
if ext == None:
ext = self.ext
if online:
print "Searching files in online mode..."
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
for nTries in range( self.nTries ):
Daniel Valdez
Modificaciones para operacion en tiempo real: lectura de archivos, titulo de graficos, timeinterval
 r389 fullpath, foldercounter, file, year, doy, set = self.__searchFilesOnLine(path=path, expLabel=expLabel, ext=ext, walk=walk, set=set)
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224
if fullpath:
break
print '\tWaiting %0.2f sec for an valid file in %s: try %02d ...' % (self.delay, path, nTries+1)
time.sleep( self.delay )
Miguel Valdez
Controlador de Signal Chain finalizado....
 r197
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 if not(fullpath):
Miguel Valdez
Controlador de Signal Chain finalizado....
 r197 print "There 'isn't valied files in %s" % path
return None
self.year = year
self.doy = doy
self.set = set - 1
self.path = path
Daniel Valdez
Se considera la lectura online/offline de los folders con formato YYYYDDD_0X, esto se cumple cuando el sistema de adquisicion genera mas de 999 archivos por dia.
 r343 self.foldercounter = foldercounter
Miguel Valdez
Controlador de Signal Chain finalizado....
 r197
else:
print "Searching files in offline mode ..."
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 pathList, filenameList = self.__searchFilesOffLine(path, startDate=startDate, endDate=endDate,
startTime=startTime, endTime=endTime,
set=set, expLabel=expLabel, ext=ext,
walk=walk)
Miguel Valdez
Controlador de Signal Chain finalizado....
 r197
if not(pathList):
print "No *%s files into the folder %s \nfor the range: %s - %s"%(ext, path,
datetime.datetime.combine(startDate,startTime).ctime(),
datetime.datetime.combine(endDate,endTime).ctime())
sys.exit(-1)
self.fileIndex = -1
self.pathList = pathList
self.filenameList = filenameList
self.online = online
self.delay = delay
ext = ext.lower()
self.ext = ext
if not(self.setNextFile()):
if (startDate!=None) and (endDate!=None):
print "No files in range: %s - %s" %(datetime.datetime.combine(startDate,startTime).ctime(), datetime.datetime.combine(endDate,endTime).ctime())
elif startDate != None:
print "No files in range: %s" %(datetime.datetime.combine(startDate,startTime).ctime())
else:
print "No files"
sys.exit(-1)
# self.updateDataHeader()
return self.dataOut
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 def getBasicHeader(self):
self.dataOut.utctime = self.basicHeaderObj.utc + self.basicHeaderObj.miliSecond/1000. + self.profileIndex * self.ippSeconds
self.dataOut.flagTimeBlock = self.flagTimeBlock
self.dataOut.timeZone = self.basicHeaderObj.timeZone
self.dataOut.dstFlag = self.basicHeaderObj.dstFlag
self.dataOut.errorCount = self.basicHeaderObj.errorCount
self.dataOut.useLocalTime = self.basicHeaderObj.useLocalTime
def getFirstHeader(self):
raise ValueError, "This method has not been implemented"
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 def getData():
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199
raise ValueError, "This method has not been implemented"
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def hasNotDataInBuffer():
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199
raise ValueError, "This method has not been implemented"
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def readBlock():
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199
raise ValueError, "This method has not been implemented"
def isEndProcess(self):
return self.flagNoMoreFiles
def printReadBlocks(self):
print "Number of read blocks per file %04d" %self.nReadBlocks
Miguel Valdez
Adicion del metodo run a la clase jrodataio
 r176
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199 def printTotalBlocks(self):
print "Number of read blocks %04d" %self.nTotalBlocks
Miguel Valdez
Prueba de lectura de Voltajes y obtencion de Espectros.
 r220
Daniel Valdez
imprime numero de bloques
 r270 def printNumberOfBlock(self):
if self.flagIsNewBlock:
Miguel Valdez
Visualiza los archivos encontrados y la fecha de cada uno de ellos.
 r324 print "Block No. %04d, Total blocks %04d -> %s" %(self.basicHeaderObj.dataBlock, self.nTotalBlocks, self.dataOut.datatime.ctime())
Daniel Valdez
imprime numero de bloques
 r270
Miguel Valdez
Prueba de lectura de Voltajes y obtencion de Espectros.
 r220 def printInfo(self):
Miguel Valdez
Adicion de informacion de la fecha y hora en la busqueda de archivos
 r332 if self.__printInfo == False:
return
self.basicHeaderObj.printInfo()
self.systemHeaderObj.printInfo()
self.radarControllerHeaderObj.printInfo()
self.processingHeaderObj.printInfo()
self.__printInfo = False
Miguel Valdez
Prueba de lectura de Voltajes y obtencion de Espectros.
 r220
Miguel Valdez
Adicion del metodo run a la clase jrodataio
 r176 def run(self, **kwargs):
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if not(self.isConfig):
Miguel Valdez
Adicion del metodo run a la clase jrodataio
 r176
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 # self.dataOut = dataOut
Miguel Valdez
Adicion del metodo run a la clase jrodataio
 r176 self.setup(**kwargs)
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.isConfig = True
Miguel Valdez
Adicion del metodo run a la clase jrodataio
 r176
Miguel Valdez
Bug en JRODataReader: El metodo run llamaba al metodo putData en vez de llamar al metodo getData
 r177 self.getData()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Controlador de Signal Chain finalizado....
 r197 class JRODataWriter(JRODataIO, Operation):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
"""
Esta clase permite escribir datos a archivos procesados (.r o ,pdata). La escritura
de los datos siempre se realiza por bloques.
"""
blockIndex = 0
path = None
setFile = None
profilesPerBlock = None
blocksPerFile = None
nWriteBlocks = 0
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 def __init__(self, dataOut=None):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 raise ValueError, "Not implemented"
def hasAllDataInBuffer(self):
raise ValueError, "Not implemented"
def setBlockDimension(self):
raise ValueError, "Not implemented"
def writeBlock(self):
raise ValueError, "No implemented"
def putData(self):
raise ValueError, "No implemented"
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344
def setBasicHeader(self):
self.basicHeaderObj.size = self.basicHeaderSize #bytes
self.basicHeaderObj.version = self.versionFile
self.basicHeaderObj.dataBlock = self.nTotalBlocks
utc = numpy.floor(self.dataOut.utctime)
milisecond = (self.dataOut.utctime - utc)* 1000.0
self.basicHeaderObj.utc = utc
self.basicHeaderObj.miliSecond = milisecond
self.basicHeaderObj.timeZone = self.dataOut.timeZone
self.basicHeaderObj.dstFlag = self.dataOut.dstFlag
self.basicHeaderObj.errorCount = self.dataOut.errorCount
def setFirstHeader(self):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 """
Obtiene una copia del First Header
Affected:
self.basicHeaderObj
self.systemHeaderObj
self.radarControllerHeaderObj
self.processingHeaderObj self.
Return:
None
"""
raise ValueError, "No implemented"
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 def __writeFirstHeader(self):
"""
Escribe el primer header del file es decir el Basic header y el Long header (SystemHeader, RadarControllerHeader, ProcessingHeader)
Affected:
__dataType
Return:
None
"""
# CALCULAR PARAMETROS
sizeLongHeader = self.systemHeaderObj.size + self.radarControllerHeaderObj.size + self.processingHeaderObj.size
self.basicHeaderObj.size = self.basicHeaderSize + sizeLongHeader
self.basicHeaderObj.write(self.fp)
self.systemHeaderObj.write(self.fp)
self.radarControllerHeaderObj.write(self.fp)
self.processingHeaderObj.write(self.fp)
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dtype = self.dataOut.dtype
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def __setNewBlock(self):
"""
Si es un nuevo file escribe el First Header caso contrario escribe solo el Basic Header
Return:
0 : si no pudo escribir nada
1 : Si escribio el Basic el First Header
"""
if self.fp == None:
self.setNextFile()
if self.flagIsNewFile:
return 1
if self.blockIndex < self.processingHeaderObj.dataBlocksPerFile:
self.basicHeaderObj.write(self.fp)
return 1
if not( self.setNextFile() ):
return 0
return 1
def writeNextBlock(self):
"""
Selecciona el bloque siguiente de datos y los escribe en un file
Return:
0 : Si no hizo pudo escribir el bloque de datos
1 : Si no pudo escribir el bloque de datos
"""
if not( self.__setNewBlock() ):
return 0
self.writeBlock()
return 1
def setNextFile(self):
"""
Determina el siguiente file que sera escrito
Affected:
self.filename
self.subfolder
self.fp
self.setFile
self.flagIsNewFile
Return:
0 : Si el archivo no puede ser escrito
1 : Si el archivo esta listo para ser escrito
"""
ext = self.ext
path = self.path
if self.fp != None:
self.fp.close()
Daniel Valdez
En jrodata.py no se considera el factor para el caso del filtro en alturas, por el momento solo se realiza la suma de los valores sin ninguna division o normalizacion de este resultado, verficar en jroprocessing.py....
 r268 timeTuple = time.localtime( self.dataOut.utctime)
Daniel Valdez
Se cambia el nombre del folder de D* a d*
 r273 subfolder = 'd%4.4d%3.3d' % (timeTuple.tm_year,timeTuple.tm_yday)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 fullpath = os.path.join( path, subfolder )
if not( os.path.exists(fullpath) ):
os.mkdir(fullpath)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.setFile = -1 #inicializo mi contador de seteo
else:
Miguel Valdez
Busqueda de archivos dentro del directorio indicado (sin busqueda de subdirectorios) activando el flag de lectura 'walk'
 r224 filesList = os.listdir( fullpath )
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 if len( filesList ) > 0:
filesList = sorted( filesList, key=str.lower )
filen = filesList[-1]
# el filename debera tener el siguiente formato
# 0 1234 567 89A BCDE (hex)
# x YYYY DDD SSS .ext
if isNumber( filen[8:11] ):
self.setFile = int( filen[8:11] ) #inicializo mi contador de seteo al seteo del ultimo file
else:
self.setFile = -1
else:
self.setFile = -1 #inicializo mi contador de seteo
setFile = self.setFile
setFile += 1
file = '%s%4.4d%3.3d%3.3d%s' % (self.optchar,
timeTuple.tm_year,
timeTuple.tm_yday,
setFile,
ext )
filename = os.path.join( path, subfolder, file )
fp = open( filename,'wb' )
self.blockIndex = 0
#guardando atributos
self.filename = filename
self.subfolder = subfolder
self.fp = fp
self.setFile = setFile
self.flagIsNewFile = 1
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 self.setFirstHeader()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
print 'Writing the file: %s'%self.filename
self.__writeFirstHeader()
return 1
Miguel Valdez
Creacion de los objetos dataOut en las clases Voltagereader y SpectraReader en el metodo __init__
 r186 def setup(self, dataOut, path, blocksPerFile, profilesPerBlock=None, set=0, ext=None):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 """
Setea el tipo de formato en la cual sera guardada la data y escribe el First Header
Inputs:
path : el path destino en el cual se escribiran los files a crear
format : formato en el cual sera salvado un file
set : el setebo del file
Return:
0 : Si no realizo un buen seteo
1 : Si realizo un buen seteo
"""
if ext == None:
ext = self.ext
ext = ext.lower()
self.ext = ext
self.path = path
self.setFile = set - 1
self.blocksPerFile = blocksPerFile
self.profilesPerBlock = profilesPerBlock
Miguel Valdez
Creacion de los objetos dataOut en las clases Voltagereader y SpectraReader en el metodo __init__
 r186 self.dataOut = dataOut
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 if not(self.setNextFile()):
print "There isn't a next file"
return 0
self.setBlockDimension()
return 1
def run(self, dataOut, **kwargs):
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if not(self.isConfig):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Creacion de los objetos dataOut en las clases Voltagereader y SpectraReader en el metodo __init__
 r186 self.setup(dataOut, **kwargs)
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.isConfig = True
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.putData()
class VoltageReader(JRODataReader):
"""
Esta clase permite leer datos de voltage desde archivos en formato rawdata (.r). La lectura
de los datos siempre se realiza por bloques. Los datos leidos (array de 3 dimensiones:
perfiles*alturas*canales) son almacenados en la variable "buffer".
perfiles * alturas * canales
Esta clase contiene instancias (objetos) de las clases BasicHeader, SystemHeader,
RadarControllerHeader y Voltage. Los tres primeros se usan para almacenar informacion de la
cabecera de datos (metadata), y el cuarto (Voltage) para obtener y almacenar un perfil de
datos desde el "buffer" cada vez que se ejecute el metodo "getData".
Example:
dpath = "/home/myuser/data"
startTime = datetime.datetime(2010,1,20,0,0,0,0,0,0)
endTime = datetime.datetime(2010,1,21,23,59,59,0,0,0)
readerObj = VoltageReader()
readerObj.setup(dpath, startTime, endTime)
while(True):
#to get one profile
profile = readerObj.getData()
#print the profile
print profile
#If you want to see all datablock
print readerObj.datablock
if readerObj.flagNoMoreFiles:
break
"""
ext = ".r"
optchar = "D"
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 dataOut = None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Creacion de los objetos dataOut en las clases Voltagereader y SpectraReader en el metodo __init__
 r186 def __init__(self):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 """
Inicializador de la clase VoltageReader para la lectura de datos de voltage.
Input:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 dataOut : Objeto de la clase Voltage. Este objeto sera utilizado para
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 almacenar un perfil de datos cada vez que se haga un requerimiento
(getData). El perfil sera obtenido a partir del buffer de datos,
si el buffer esta vacio se hara un nuevo proceso de lectura de un
bloque de datos.
Si este parametro no es pasado se creara uno internamente.
Variables afectadas:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Return:
None
"""
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.isConfig = False
Miguel Valdez
Adicion del metodo run a la clase jrodataio
 r176
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.datablock = None
self.utc = 0
self.ext = ".r"
self.optchar = "D"
Miguel Valdez
jrodataIO.py: Adicion del parametro LOCALTIME para la lectura de datos....
 r234 self.basicHeaderObj = BasicHeader(LOCALTIME)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.systemHeaderObj = SystemHeader()
self.radarControllerHeaderObj = RadarControllerHeader()
self.processingHeaderObj = ProcessingHeader()
self.online = 0
self.fp = None
self.idFile = None
self.dtype = None
self.fileSizeByHeader = None
self.filenameList = []
self.filename = None
self.fileSize = None
self.firstHeaderSize = 0
self.basicHeaderSize = 24
self.pathList = []
self.filenameList = []
self.lastUTTime = 0
self.maxTimeStep = 30
self.flagNoMoreFiles = 0
self.set = 0
self.path = None
Daniel Valdez
Se incrementa el valor por defecto de profileIndex a 2**32-1. Esto debido a que se encontraron datos de meteoros con un numero de perfiles mayor a 24K
 r319 self.profileIndex = 2**32-1
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.delay = 3 #seconds
self.nTries = 3 #quantity tries
self.nFiles = 3 #number of files for searching
self.nReadBlocks = 0
self.flagIsNewFile = 1
Daniel Valdez
Se agrega el metodo __jumpToLastBlock para saltar al ultimo bloque datos (solo lectura online). Faltan hacer pruebas con el sistema de adquisicion operando en linea.
 r321
self.__isFirstTimeOnline = 1
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.ippSeconds = 0
self.flagTimeBlock = 0
self.flagIsNewBlock = 0
self.nTotalBlocks = 0
self.blocksize = 0
Miguel Valdez
Creacion de los objetos dataOut en las clases Voltagereader y SpectraReader en el metodo __init__
 r186
Miguel Valdez
r187 self.dataOut = self.createObjByDefault()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def createObjByDefault(self):
dataObj = Voltage()
return dataObj
def __hasNotDataInBuffer(self):
if self.profileIndex >= self.processingHeaderObj.profilesPerBlock:
return 1
return 0
def getBlockDimension(self):
"""
Obtiene la cantidad de puntos a leer por cada bloque de datos
Affected:
self.blocksize
Return:
None
"""
pts2read = self.processingHeaderObj.profilesPerBlock * self.processingHeaderObj.nHeights * self.systemHeaderObj.nChannels
self.blocksize = pts2read
def readBlock(self):
"""
readBlock lee el bloque de datos desde la posicion actual del puntero del archivo
(self.fp) y actualiza todos los parametros relacionados al bloque de datos
(metadata + data). La data leida es almacenada en el buffer y el contador del buffer
es seteado a 0
Inputs:
None
Return:
None
Affected:
self.profileIndex
self.datablock
self.flagIsNewFile
self.flagIsNewBlock
self.nTotalBlocks
Exceptions:
Si un bloque leido no es un bloque valido
"""
junk = numpy.fromfile( self.fp, self.dtype, self.blocksize )
try:
junk = junk.reshape( (self.processingHeaderObj.profilesPerBlock, self.processingHeaderObj.nHeights, self.systemHeaderObj.nChannels) )
except:
print "The read block (%3d) has not enough data" %self.nReadBlocks
return 0
junk = numpy.transpose(junk, (2,0,1))
self.datablock = junk['real'] + junk['imag']*1j
self.profileIndex = 0
self.flagIsNewFile = 0
self.flagIsNewBlock = 1
self.nTotalBlocks += 1
self.nReadBlocks += 1
return 1
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 def getFirstHeader(self):
self.dataOut.dtype = self.dtype
self.dataOut.nProfiles = self.processingHeaderObj.profilesPerBlock
xf = self.processingHeaderObj.firstHeight + self.processingHeaderObj.nHeights*self.processingHeaderObj.deltaHeight
self.dataOut.heightList = numpy.arange(self.processingHeaderObj.firstHeight, xf, self.processingHeaderObj.deltaHeight)
self.dataOut.channelList = range(self.systemHeaderObj.nChannels)
self.dataOut.ippSeconds = self.ippSeconds
self.dataOut.timeInterval = self.ippSeconds * self.processingHeaderObj.nCohInt
self.dataOut.nCohInt = self.processingHeaderObj.nCohInt
self.dataOut.flagShiftFFT = False
if self.radarControllerHeaderObj.code != None:
self.dataOut.nCode = self.radarControllerHeaderObj.nCode
self.dataOut.nBaud = self.radarControllerHeaderObj.nBaud
self.dataOut.code = self.radarControllerHeaderObj.code
self.dataOut.systemHeaderObj = self.systemHeaderObj.copy()
self.dataOut.radarControllerHeaderObj = self.radarControllerHeaderObj.copy()
self.dataOut.flagDecodeData = False #asumo q la data no esta decodificada
self.dataOut.flagDeflipData = False #asumo q la data no esta sin flip
self.dataOut.flagShiftFFT = False
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def getData(self):
"""
getData obtiene una unidad de datos del buffer de lectura y la copia a la clase "Voltage"
con todos los parametros asociados a este (metadata). cuando no hay datos en el buffer de
lectura es necesario hacer una nueva lectura de los bloques de datos usando "readNextBlock"
Ademas incrementa el contador del buffer en 1.
Return:
data : retorna un perfil de voltages (alturas * canales) copiados desde el
buffer. Si no hay mas archivos a leer retorna None.
Variables afectadas:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.profileIndex
Affected:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.profileIndex
self.flagTimeBlock
self.flagIsNewBlock
"""
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199
if self.flagNoMoreFiles:
self.dataOut.flagNoData = True
print 'Process finished'
return 0
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.flagTimeBlock = 0
self.flagIsNewBlock = 0
if self.__hasNotDataInBuffer():
if not( self.readNextBlock() ):
return 0
Miguel Valdez
Prueba de lectura de Voltajes y obtencion de Espectros.
 r220
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 self.getFirstHeader()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
if self.datablock == None:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut.flagNoData = True
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 return 0
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut.data = self.datablock[:,self.profileIndex,:]
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut.flagNoData = False
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 self.getBasicHeader()
Miguel Valdez
Prueba de lectura de Voltajes y obtencion de Espectros.
 r220
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 self.profileIndex += 1
Miguel Valdez
Prueba de lectura de Voltajes y obtencion de Espectros.
 r220
Daniel Valdez
Se agrega a JROData el flag realtime, para este caso se da prioridad al procesamiento de datos. Los graficos se generan solo cuando el tiempo de procesamiento es cercano al tiempo de adquisición.
 r360 self.dataOut.realtime = self.online
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 return self.dataOut.data
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
class VoltageWriter(JRODataWriter):
"""
Esta clase permite escribir datos de voltajes a archivos procesados (.r). La escritura
de los datos siempre se realiza por bloques.
"""
ext = ".r"
optchar = "D"
shapeBuffer = None
Miguel Valdez
Creacion de los objetos dataOut en las clases Voltagereader y SpectraReader en el metodo __init__
 r186 def __init__(self):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 """
Inicializador de la clase VoltageWriter para la escritura de datos de espectros.
Affected:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Return: None
"""
self.nTotalBlocks = 0
self.profileIndex = 0
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.isConfig = False
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.fp = None
self.flagIsNewFile = 1
self.nTotalBlocks = 0
self.flagIsNewBlock = 0
self.setFile = None
self.dtype = None
self.path = None
self.filename = None
Miguel Valdez
jrodataIO.py: Adicion del parametro LOCALTIME para la lectura de datos....
 r234 self.basicHeaderObj = BasicHeader(LOCALTIME)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.systemHeaderObj = SystemHeader()
self.radarControllerHeaderObj = RadarControllerHeader()
self.processingHeaderObj = ProcessingHeader()
def hasAllDataInBuffer(self):
if self.profileIndex >= self.processingHeaderObj.profilesPerBlock:
return 1
return 0
def setBlockDimension(self):
"""
Obtiene las formas dimensionales del los subbloques de datos que componen un bloque
Affected:
self.shape_spc_Buffer
self.shape_cspc_Buffer
self.shape_dc_Buffer
Return: None
"""
self.shapeBuffer = (self.processingHeaderObj.profilesPerBlock,
self.processingHeaderObj.nHeights,
self.systemHeaderObj.nChannels)
self.datablock = numpy.zeros((self.systemHeaderObj.nChannels,
self.processingHeaderObj.profilesPerBlock,
self.processingHeaderObj.nHeights),
Daniel Valdez
Modificaciones del tipo de dato
r276 dtype=numpy.dtype('complex64'))
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def writeBlock(self):
"""
Escribe el buffer en el file designado
Affected:
self.profileIndex
self.flagIsNewFile
self.flagIsNewBlock
self.nTotalBlocks
self.blockIndex
Return: None
"""
data = numpy.zeros( self.shapeBuffer, self.dtype )
junk = numpy.transpose(self.datablock, (1,2,0))
data['real'] = junk.real
data['imag'] = junk.imag
data = data.reshape( (-1) )
data.tofile( self.fp )
self.datablock.fill(0)
self.profileIndex = 0
self.flagIsNewFile = 0
self.flagIsNewBlock = 1
self.blockIndex += 1
self.nTotalBlocks += 1
def putData(self):
"""
Setea un bloque de datos y luego los escribe en un file
Affected:
self.flagIsNewBlock
self.profileIndex
Return:
0 : Si no hay data o no hay mas files que puedan escribirse
1 : Si se escribio la data de un bloque en un file
"""
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.flagNoData:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 return 0
self.flagIsNewBlock = 0
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.flagTimeBlock:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.datablock.fill(0)
self.profileIndex = 0
self.setNextFile()
if self.profileIndex == 0:
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 self.setBasicHeader()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.datablock[:,self.profileIndex,:] = self.dataOut.data
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.profileIndex += 1
if self.hasAllDataInBuffer():
#if self.flagIsNewFile:
self.writeNextBlock()
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 # self.setFirstHeader()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
return 1
def __getProcessFlags(self):
processFlags = 0
dtype0 = numpy.dtype([('real','<i1'),('imag','<i1')])
dtype1 = numpy.dtype([('real','<i2'),('imag','<i2')])
dtype2 = numpy.dtype([('real','<i4'),('imag','<i4')])
dtype3 = numpy.dtype([('real','<i8'),('imag','<i8')])
dtype4 = numpy.dtype([('real','<f4'),('imag','<f4')])
dtype5 = numpy.dtype([('real','<f8'),('imag','<f8')])
dtypeList = [dtype0, dtype1, dtype2, dtype3, dtype4, dtype5]
datatypeValueList = [PROCFLAG.DATATYPE_CHAR,
PROCFLAG.DATATYPE_SHORT,
PROCFLAG.DATATYPE_LONG,
PROCFLAG.DATATYPE_INT64,
PROCFLAG.DATATYPE_FLOAT,
PROCFLAG.DATATYPE_DOUBLE]
for index in range(len(dtypeList)):
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.dtype == dtypeList[index]:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 dtypeValue = datatypeValueList[index]
break
processFlags += dtypeValue
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.flagDecodeData:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processFlags += PROCFLAG.DECODE_DATA
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.flagDeflipData:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processFlags += PROCFLAG.DEFLIP_DATA
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.code != None:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processFlags += PROCFLAG.DEFINE_PROCESS_CODE
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.nCohInt > 1:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processFlags += PROCFLAG.COHERENT_INTEGRATION
return processFlags
def __getBlockSize(self):
'''
Este metodos determina el cantidad de bytes para un bloque de datos de tipo Voltage
'''
dtype0 = numpy.dtype([('real','<i1'),('imag','<i1')])
dtype1 = numpy.dtype([('real','<i2'),('imag','<i2')])
dtype2 = numpy.dtype([('real','<i4'),('imag','<i4')])
dtype3 = numpy.dtype([('real','<i8'),('imag','<i8')])
dtype4 = numpy.dtype([('real','<f4'),('imag','<f4')])
dtype5 = numpy.dtype([('real','<f8'),('imag','<f8')])
dtypeList = [dtype0, dtype1, dtype2, dtype3, dtype4, dtype5]
datatypeValueList = [1,2,4,8,4,8]
for index in range(len(dtypeList)):
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.dtype == dtypeList[index]:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 datatypeValue = datatypeValueList[index]
break
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 blocksize = int(self.dataOut.nHeights * self.dataOut.nChannels * self.dataOut.nProfiles * datatypeValue * 2)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
return blocksize
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 def setFirstHeader(self):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
"""
Obtiene una copia del First Header
Affected:
self.systemHeaderObj
self.radarControllerHeaderObj
self.dtype
Return:
None
"""
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.systemHeaderObj = self.dataOut.systemHeaderObj.copy()
self.systemHeaderObj.nChannels = self.dataOut.nChannels
self.radarControllerHeaderObj = self.dataOut.radarControllerHeaderObj.copy()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 self.setBasicHeader()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
processingHeaderSize = 40 # bytes
self.processingHeaderObj.dtype = 0 # Voltage
self.processingHeaderObj.blockSize = self.__getBlockSize()
self.processingHeaderObj.profilesPerBlock = self.profilesPerBlock
self.processingHeaderObj.dataBlocksPerFile = self.blocksPerFile
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.processingHeaderObj.nWindows = 1 #podria ser 1 o self.dataOut.processingHeaderObj.nWindows
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.processingHeaderObj.processFlags = self.__getProcessFlags()
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.processingHeaderObj.nCohInt = self.dataOut.nCohInt
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.processingHeaderObj.nIncohInt = 1 # Cuando la data de origen es de tipo Voltage
self.processingHeaderObj.totalSpectra = 0 # Cuando la data de origen es de tipo Voltage
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.code != None:
self.processingHeaderObj.code = self.dataOut.code
self.processingHeaderObj.nCode = self.dataOut.nCode
self.processingHeaderObj.nBaud = self.dataOut.nBaud
codesize = int(8 + 4 * self.dataOut.nCode * self.dataOut.nBaud)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processingHeaderSize += codesize
if self.processingHeaderObj.nWindows != 0:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.processingHeaderObj.firstHeight = self.dataOut.heightList[0]
self.processingHeaderObj.deltaHeight = self.dataOut.heightList[1] - self.dataOut.heightList[0]
self.processingHeaderObj.nHeights = self.dataOut.nHeights
self.processingHeaderObj.samplesWin = self.dataOut.nHeights
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processingHeaderSize += 12
self.processingHeaderObj.size = processingHeaderSize
class SpectraReader(JRODataReader):
"""
Esta clase permite leer datos de espectros desde archivos procesados (.pdata). La lectura
de los datos siempre se realiza por bloques. Los datos leidos (array de 3 dimensiones)
son almacenados en tres buffer's para el Self Spectra, el Cross Spectra y el DC Channel.
paresCanalesIguales * alturas * perfiles (Self Spectra)
paresCanalesDiferentes * alturas * perfiles (Cross Spectra)
canales * alturas (DC Channels)
Esta clase contiene instancias (objetos) de las clases BasicHeader, SystemHeader,
RadarControllerHeader y Spectra. Los tres primeros se usan para almacenar informacion de la
cabecera de datos (metadata), y el cuarto (Spectra) para obtener y almacenar un bloque de
datos desde el "buffer" cada vez que se ejecute el metodo "getData".
Example:
dpath = "/home/myuser/data"
startTime = datetime.datetime(2010,1,20,0,0,0,0,0,0)
endTime = datetime.datetime(2010,1,21,23,59,59,0,0,0)
readerObj = SpectraReader()
readerObj.setup(dpath, startTime, endTime)
while(True):
readerObj.getData()
print readerObj.data_spc
print readerObj.data_cspc
print readerObj.data_dc
if readerObj.flagNoMoreFiles:
break
"""
pts2read_SelfSpectra = 0
pts2read_CrossSpectra = 0
pts2read_DCchannels = 0
ext = ".pdata"
optchar = "P"
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 dataOut = None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
nRdChannels = None
nRdPairs = None
rdPairList = []
Miguel Valdez
Creacion de los objetos dataOut en las clases Voltagereader y SpectraReader en el metodo __init__
 r186 def __init__(self):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 """
Inicializador de la clase SpectraReader para la lectura de datos de espectros.
Inputs:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 dataOut : Objeto de la clase Spectra. Este objeto sera utilizado para
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 almacenar un perfil de datos cada vez que se haga un requerimiento
(getData). El perfil sera obtenido a partir del buffer de datos,
si el buffer esta vacio se hara un nuevo proceso de lectura de un
bloque de datos.
Si este parametro no es pasado se creara uno internamente.
Affected:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Return : None
"""
Miguel Valdez
Adicion del metodo run a la clase jrodataio
 r176
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.isConfig = False
Miguel Valdez
Adicion del metodo run a la clase jrodataio
 r176
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.pts2read_SelfSpectra = 0
self.pts2read_CrossSpectra = 0
self.pts2read_DCchannels = 0
self.datablock = None
self.utc = None
self.ext = ".pdata"
self.optchar = "P"
Miguel Valdez
jrodataIO.py: Adicion del parametro LOCALTIME para la lectura de datos....
 r234 self.basicHeaderObj = BasicHeader(LOCALTIME)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.systemHeaderObj = SystemHeader()
self.radarControllerHeaderObj = RadarControllerHeader()
self.processingHeaderObj = ProcessingHeader()
self.online = 0
self.fp = None
self.idFile = None
self.dtype = None
self.fileSizeByHeader = None
self.filenameList = []
self.filename = None
self.fileSize = None
self.firstHeaderSize = 0
self.basicHeaderSize = 24
self.pathList = []
self.lastUTTime = 0
self.maxTimeStep = 30
self.flagNoMoreFiles = 0
self.set = 0
self.path = None
Miguel Valdez
mensajes en la busqueda de datos en linea agregados
 r292 self.delay = 60 #seconds
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.nTries = 3 #quantity tries
self.nFiles = 3 #number of files for searching
self.nReadBlocks = 0
self.flagIsNewFile = 1
Daniel Valdez
Se agrega el metodo __jumpToLastBlock para saltar al ultimo bloque datos (solo lectura online). Faltan hacer pruebas con el sistema de adquisicion operando en linea.
 r321
self.__isFirstTimeOnline = 1
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.ippSeconds = 0
self.flagTimeBlock = 0
self.flagIsNewBlock = 0
self.nTotalBlocks = 0
self.blocksize = 0
Miguel Valdez
Creacion de los objetos dataOut en las clases Voltagereader y SpectraReader en el metodo __init__
 r186
Miguel Valdez
r187 self.dataOut = self.createObjByDefault()
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344
self.profileIndex = 1 #Always
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def createObjByDefault(self):
dataObj = Spectra()
return dataObj
def __hasNotDataInBuffer(self):
return 1
def getBlockDimension(self):
"""
Obtiene la cantidad de puntos a leer por cada bloque de datos
Affected:
self.nRdChannels
self.nRdPairs
self.pts2read_SelfSpectra
self.pts2read_CrossSpectra
self.pts2read_DCchannels
self.blocksize
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut.nChannels
self.dataOut.nPairs
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Return:
None
"""
self.nRdChannels = 0
self.nRdPairs = 0
self.rdPairList = []
for i in range(0, self.processingHeaderObj.totalSpectra*2, 2):
if self.processingHeaderObj.spectraComb[i] == self.processingHeaderObj.spectraComb[i+1]:
self.nRdChannels = self.nRdChannels + 1 #par de canales iguales
else:
self.nRdPairs = self.nRdPairs + 1 #par de canales diferentes
self.rdPairList.append((self.processingHeaderObj.spectraComb[i], self.processingHeaderObj.spectraComb[i+1]))
pts2read = self.processingHeaderObj.nHeights * self.processingHeaderObj.profilesPerBlock
self.pts2read_SelfSpectra = int(self.nRdChannels * pts2read)
self.blocksize = self.pts2read_SelfSpectra
if self.processingHeaderObj.flag_cspc:
self.pts2read_CrossSpectra = int(self.nRdPairs * pts2read)
self.blocksize += self.pts2read_CrossSpectra
if self.processingHeaderObj.flag_dc:
self.pts2read_DCchannels = int(self.systemHeaderObj.nChannels * self.processingHeaderObj.nHeights)
self.blocksize += self.pts2read_DCchannels
# self.blocksize = self.pts2read_SelfSpectra + self.pts2read_CrossSpectra + self.pts2read_DCchannels
def readBlock(self):
"""
Lee el bloque de datos desde la posicion actual del puntero del archivo
(self.fp) y actualiza todos los parametros relacionados al bloque de datos
(metadata + data). La data leida es almacenada en el buffer y el contador del buffer
es seteado a 0
Return: None
Variables afectadas:
self.flagIsNewFile
self.flagIsNewBlock
self.nTotalBlocks
self.data_spc
self.data_cspc
self.data_dc
Exceptions:
Si un bloque leido no es un bloque valido
"""
blockOk_flag = False
fpointer = self.fp.tell()
spc = numpy.fromfile( self.fp, self.dtype[0], self.pts2read_SelfSpectra )
spc = spc.reshape( (self.nRdChannels, self.processingHeaderObj.nHeights, self.processingHeaderObj.profilesPerBlock) ) #transforma a un arreglo 3D
if self.processingHeaderObj.flag_cspc:
cspc = numpy.fromfile( self.fp, self.dtype, self.pts2read_CrossSpectra )
cspc = cspc.reshape( (self.nRdPairs, self.processingHeaderObj.nHeights, self.processingHeaderObj.profilesPerBlock) ) #transforma a un arreglo 3D
if self.processingHeaderObj.flag_dc:
dc = numpy.fromfile( self.fp, self.dtype, self.pts2read_DCchannels ) #int(self.processingHeaderObj.nHeights*self.systemHeaderObj.nChannels) )
dc = dc.reshape( (self.systemHeaderObj.nChannels, self.processingHeaderObj.nHeights) ) #transforma a un arreglo 2D
if not(self.processingHeaderObj.shif_fft):
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199 #desplaza a la derecha en el eje 2 determinadas posiciones
shift = int(self.processingHeaderObj.profilesPerBlock/2)
spc = numpy.roll( spc, shift , axis=2 )
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
if self.processingHeaderObj.flag_cspc:
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199 #desplaza a la derecha en el eje 2 determinadas posiciones
cspc = numpy.roll( cspc, shift, axis=2 )
Miguel Valdez
Se agregaron las propiedades flag_cspc y flag_dc a la clase Spectra...
 r266
Daniel Valdez
En jrodata.py no se considera el factor para el caso del filtro en alturas, por el momento solo se realiza la suma de los valores sin ninguna division o normalizacion de este resultado, verficar en jroprocessing.py....
 r268 # self.processingHeaderObj.shif_fft = True
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
spc = numpy.transpose( spc, (0,2,1) )
self.data_spc = spc
if self.processingHeaderObj.flag_cspc:
cspc = numpy.transpose( cspc, (0,2,1) )
self.data_cspc = cspc['real'] + cspc['imag']*1j
else:
self.data_cspc = None
if self.processingHeaderObj.flag_dc:
self.data_dc = dc['real'] + dc['imag']*1j
else:
self.data_dc = None
self.flagIsNewFile = 0
self.flagIsNewBlock = 1
self.nTotalBlocks += 1
self.nReadBlocks += 1
return 1
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 def getFirstHeader(self):
self.dataOut.dtype = self.dtype
self.dataOut.nPairs = self.nRdPairs
self.dataOut.pairsList = self.rdPairList
self.dataOut.nProfiles = self.processingHeaderObj.profilesPerBlock
self.dataOut.nFFTPoints = self.processingHeaderObj.profilesPerBlock
self.dataOut.nCohInt = self.processingHeaderObj.nCohInt
self.dataOut.nIncohInt = self.processingHeaderObj.nIncohInt
xf = self.processingHeaderObj.firstHeight + self.processingHeaderObj.nHeights*self.processingHeaderObj.deltaHeight
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 self.dataOut.heightList = numpy.arange(self.processingHeaderObj.firstHeight, xf, self.processingHeaderObj.deltaHeight)
self.dataOut.channelList = range(self.systemHeaderObj.nChannels)
self.dataOut.ippSeconds = self.ippSeconds
self.dataOut.timeInterval = self.ippSeconds * self.processingHeaderObj.nCohInt * self.processingHeaderObj.nIncohInt * self.dataOut.nFFTPoints
self.dataOut.systemHeaderObj = self.systemHeaderObj.copy()
self.dataOut.radarControllerHeaderObj = self.radarControllerHeaderObj.copy()
self.dataOut.flagShiftFFT = self.processingHeaderObj.shif_fft
self.dataOut.flagDecodeData = False #asumo q la data no esta decodificada
self.dataOut.flagDeflipData = True #asumo q la data no esta sin flip
if self.processingHeaderObj.code != None:
self.dataOut.nCode = self.processingHeaderObj.nCode
self.dataOut.nBaud = self.processingHeaderObj.nBaud
self.dataOut.code = self.processingHeaderObj.code
self.dataOut.flagDecodeData = True
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 def getData(self):
"""
Copia el buffer de lectura a la clase "Spectra",
con todos los parametros asociados a este (metadata). cuando no hay datos en el buffer de
lectura es necesario hacer una nueva lectura de los bloques de datos usando "readNextBlock"
Return:
0 : Si no hay mas archivos disponibles
1 : Si hizo una buena copia del buffer
Affected:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.flagTimeBlock
self.flagIsNewBlock
"""
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199 if self.flagNoMoreFiles:
self.dataOut.flagNoData = True
print 'Process finished'
return 0
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.flagTimeBlock = 0
self.flagIsNewBlock = 0
if self.__hasNotDataInBuffer():
if not( self.readNextBlock() ):
Miguel Valdez
Primera version del controlador probada y testeada incluyendo graficos
 r199 self.dataOut.flagNoData = True
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 return 0
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
#data es un numpy array de 3 dmensiones (perfiles, alturas y canales)
if self.data_dc == None:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut.flagNoData = True
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 return 0
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344
self.getBasicHeader()
self.getFirstHeader()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut.data_spc = self.data_spc
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut.data_cspc = self.data_cspc
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut.data_dc = self.data_dc
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut.flagNoData = False
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Se agrega a JROData el flag realtime, para este caso se da prioridad al procesamiento de datos. Los graficos se generan solo cuando el tiempo de procesamiento es cercano al tiempo de adquisición.
 r360 self.dataOut.realtime = self.online
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 return self.dataOut.data_spc
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
class SpectraWriter(JRODataWriter):
"""
Esta clase permite escribir datos de espectros a archivos procesados (.pdata). La escritura
de los datos siempre se realiza por bloques.
"""
ext = ".pdata"
optchar = "P"
shape_spc_Buffer = None
shape_cspc_Buffer = None
shape_dc_Buffer = None
data_spc = None
data_cspc = None
data_dc = None
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 # dataOut = None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
Creacion de los objetos dataOut en las clases Voltagereader y SpectraReader en el metodo __init__
 r186 def __init__(self):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 """
Inicializador de la clase SpectraWriter para la escritura de datos de espectros.
Affected:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.dataOut
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.basicHeaderObj
self.systemHeaderObj
self.radarControllerHeaderObj
self.processingHeaderObj
Return: None
"""
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.isConfig = False
Miguel Valdez
Adicion del metodo run a la clase jrodataio
 r176
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.nTotalBlocks = 0
self.data_spc = None
self.data_cspc = None
self.data_dc = None
self.fp = None
self.flagIsNewFile = 1
self.nTotalBlocks = 0
self.flagIsNewBlock = 0
self.setFile = None
self.dtype = None
self.path = None
self.noMoreFiles = 0
self.filename = None
Miguel Valdez
jrodataIO.py: Adicion del parametro LOCALTIME para la lectura de datos....
 r234 self.basicHeaderObj = BasicHeader(LOCALTIME)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
self.systemHeaderObj = SystemHeader()
self.radarControllerHeaderObj = RadarControllerHeader()
self.processingHeaderObj = ProcessingHeader()
def hasAllDataInBuffer(self):
return 1
def setBlockDimension(self):
"""
Obtiene las formas dimensionales del los subbloques de datos que componen un bloque
Affected:
self.shape_spc_Buffer
self.shape_cspc_Buffer
self.shape_dc_Buffer
Return: None
"""
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.shape_spc_Buffer = (self.dataOut.nChannels,
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.processingHeaderObj.nHeights,
self.processingHeaderObj.profilesPerBlock)
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.shape_cspc_Buffer = (self.dataOut.nPairs,
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.processingHeaderObj.nHeights,
self.processingHeaderObj.profilesPerBlock)
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.shape_dc_Buffer = (self.dataOut.nChannels,
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.processingHeaderObj.nHeights)
def writeBlock(self):
"""
Escribe el buffer en el file designado
Affected:
self.data_spc
self.data_cspc
self.data_dc
self.flagIsNewFile
self.flagIsNewBlock
self.nTotalBlocks
self.nWriteBlocks
Return: None
"""
spc = numpy.transpose( self.data_spc, (0,2,1) )
if not( self.processingHeaderObj.shif_fft ):
spc = numpy.roll( spc, self.processingHeaderObj.profilesPerBlock/2, axis=2 ) #desplaza a la derecha en el eje 2 determinadas posiciones
data = spc.reshape((-1))
Daniel Valdez
Modificaciones del tipo de dato
r276 data = data.astype(self.dtype[0])
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 data.tofile(self.fp)
if self.data_cspc != None:
data = numpy.zeros( self.shape_cspc_Buffer, self.dtype )
cspc = numpy.transpose( self.data_cspc, (0,2,1) )
if not( self.processingHeaderObj.shif_fft ):
cspc = numpy.roll( cspc, self.processingHeaderObj.profilesPerBlock/2, axis=2 ) #desplaza a la derecha en el eje 2 determinadas posiciones
data['real'] = cspc.real
data['imag'] = cspc.imag
data = data.reshape((-1))
data.tofile(self.fp)
if self.data_dc != None:
data = numpy.zeros( self.shape_dc_Buffer, self.dtype )
dc = self.data_dc
data['real'] = dc.real
data['imag'] = dc.imag
data = data.reshape((-1))
data.tofile(self.fp)
self.data_spc.fill(0)
Daniel Valdez
Optimizacion de Salvado de Spectros...
 r404
if self.data_dc != None:
self.data_dc.fill(0)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 if self.data_cspc != None:
self.data_cspc.fill(0)
self.flagIsNewFile = 0
self.flagIsNewBlock = 1
self.nTotalBlocks += 1
self.nWriteBlocks += 1
self.blockIndex += 1
def putData(self):
"""
Setea un bloque de datos y luego los escribe en un file
Affected:
self.data_spc
self.data_cspc
self.data_dc
Return:
0 : Si no hay data o no hay mas files que puedan escribirse
1 : Si se escribio la data de un bloque en un file
"""
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.flagNoData:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 return 0
self.flagIsNewBlock = 0
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.flagTimeBlock:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.data_spc.fill(0)
self.data_cspc.fill(0)
self.data_dc.fill(0)
self.setNextFile()
if self.flagIsNewFile == 0:
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 self.setBasicHeader()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
En jrodata.py no se considera el factor para el caso del filtro en alturas, por el momento solo se realiza la suma de los valores sin ninguna division o normalizacion de este resultado, verficar en jroprocessing.py....
 r268 self.data_spc = self.dataOut.data_spc.copy()
Daniel Valdez
Optimizacion de Salvado de Spectros...
 r404 if self.dataOut.data_cspc != None:
self.data_cspc = self.dataOut.data_cspc.copy()
Daniel Valdez
En jrodata.py no se considera el factor para el caso del filtro en alturas, por el momento solo se realiza la suma de los valores sin ninguna division o normalizacion de este resultado, verficar en jroprocessing.py....
 r268 self.data_dc = self.dataOut.data_dc.copy()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
# #self.processingHeaderObj.dataBlocksPerFile)
if self.hasAllDataInBuffer():
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 # self.setFirstHeader()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.writeNextBlock()
return 1
def __getProcessFlags(self):
processFlags = 0
dtype0 = numpy.dtype([('real','<i1'),('imag','<i1')])
dtype1 = numpy.dtype([('real','<i2'),('imag','<i2')])
dtype2 = numpy.dtype([('real','<i4'),('imag','<i4')])
dtype3 = numpy.dtype([('real','<i8'),('imag','<i8')])
dtype4 = numpy.dtype([('real','<f4'),('imag','<f4')])
dtype5 = numpy.dtype([('real','<f8'),('imag','<f8')])
dtypeList = [dtype0, dtype1, dtype2, dtype3, dtype4, dtype5]
datatypeValueList = [PROCFLAG.DATATYPE_CHAR,
PROCFLAG.DATATYPE_SHORT,
PROCFLAG.DATATYPE_LONG,
PROCFLAG.DATATYPE_INT64,
PROCFLAG.DATATYPE_FLOAT,
PROCFLAG.DATATYPE_DOUBLE]
for index in range(len(dtypeList)):
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.dtype == dtypeList[index]:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 dtypeValue = datatypeValueList[index]
break
processFlags += dtypeValue
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.flagDecodeData:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processFlags += PROCFLAG.DECODE_DATA
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.flagDeflipData:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processFlags += PROCFLAG.DEFLIP_DATA
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.code != None:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processFlags += PROCFLAG.DEFINE_PROCESS_CODE
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.nIncohInt > 1:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processFlags += PROCFLAG.INCOHERENT_INTEGRATION
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.data_dc != None:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 processFlags += PROCFLAG.SAVE_CHANNELS_DC
return processFlags
def __getBlockSize(self):
'''
Este metodos determina el cantidad de bytes para un bloque de datos de tipo Spectra
'''
dtype0 = numpy.dtype([('real','<i1'),('imag','<i1')])
dtype1 = numpy.dtype([('real','<i2'),('imag','<i2')])
dtype2 = numpy.dtype([('real','<i4'),('imag','<i4')])
dtype3 = numpy.dtype([('real','<i8'),('imag','<i8')])
dtype4 = numpy.dtype([('real','<f4'),('imag','<f4')])
dtype5 = numpy.dtype([('real','<f8'),('imag','<f8')])
dtypeList = [dtype0, dtype1, dtype2, dtype3, dtype4, dtype5]
datatypeValueList = [1,2,4,8,4,8]
for index in range(len(dtypeList)):
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.dtype == dtypeList[index]:
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 datatypeValue = datatypeValueList[index]
break
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 pts2write = self.dataOut.nHeights * self.dataOut.nFFTPoints
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 pts2write_SelfSpectra = int(self.dataOut.nChannels * pts2write)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 blocksize = (pts2write_SelfSpectra*datatypeValue)
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.data_cspc != None:
pts2write_CrossSpectra = int(self.dataOut.nPairs * pts2write)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 blocksize += (pts2write_CrossSpectra*datatypeValue*2)
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 if self.dataOut.data_dc != None:
pts2write_DCchannels = int(self.dataOut.nChannels * self.dataOut.nHeights)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 blocksize += (pts2write_DCchannels*datatypeValue*2)
blocksize = blocksize #* datatypeValue * 2 #CORREGIR ESTO
return blocksize
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 def setFirstHeader(self):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
"""
Obtiene una copia del First Header
Affected:
self.systemHeaderObj
self.radarControllerHeaderObj
self.dtype
Return:
None
"""
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.systemHeaderObj = self.dataOut.systemHeaderObj.copy()
self.systemHeaderObj.nChannels = self.dataOut.nChannels
self.radarControllerHeaderObj = self.dataOut.radarControllerHeaderObj.copy()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 self.setBasicHeader()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
processingHeaderSize = 40 # bytes
Miguel Valdez
Se esta obviando el guardado del codigo en el header de procesamiento...
 r333 self.processingHeaderObj.dtype = 1 # Spectra
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.processingHeaderObj.blockSize = self.__getBlockSize()
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.processingHeaderObj.profilesPerBlock = self.dataOut.nFFTPoints
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.processingHeaderObj.dataBlocksPerFile = self.blocksPerFile
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.processingHeaderObj.nWindows = 1 #podria ser 1 o self.dataOut.processingHeaderObj.nWindows
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.processingHeaderObj.processFlags = self.__getProcessFlags()
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.processingHeaderObj.nCohInt = self.dataOut.nCohInt# Se requiere para determinar el valor de timeInterval
self.processingHeaderObj.nIncohInt = self.dataOut.nIncohInt
self.processingHeaderObj.totalSpectra = self.dataOut.nPairs + self.dataOut.nChannels
Miguel Valdez
-Se ha cambiado la forma de calcular los segundos en tiempo local con el parametro Timezone tomado del archivo leido....
 r344 self.processingHeaderObj.shif_fft = self.dataOut.flagShiftFFT
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
if self.processingHeaderObj.totalSpectra > 0:
channelList = []
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 for channel in range(self.dataOut.nChannels):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 channelList.append(channel)
channelList.append(channel)
Daniel Valdez
Optimizacion de Salvado de Spectros...
 r404
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 pairsList = []
Daniel Valdez
Optimizacion de Salvado de Spectros...
 r404 if self.dataOut.nPairs > 0:
for pair in self.dataOut.pairsList:
pairsList.append(pair[0])
pairsList.append(pair[1])
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 spectraComb = channelList + pairsList
spectraComb = numpy.array(spectraComb,dtype="u1")
self.processingHeaderObj.spectraComb = spectraComb
sizeOfSpcComb = len(spectraComb)
processingHeaderSize += sizeOfSpcComb
Miguel Valdez
Se esta obviando el guardado del codigo en el header de procesamiento...
 r333
# The processing header should not have information about code
# if self.dataOut.code != None:
# self.processingHeaderObj.code = self.dataOut.code
# self.processingHeaderObj.nCode = self.dataOut.nCode
# self.processingHeaderObj.nBaud = self.dataOut.nBaud
# nCodeSize = 4 # bytes
# nBaudSize = 4 # bytes
# codeSize = 4 # bytes
# sizeOfCode = int(nCodeSize + nBaudSize + codeSize * self.dataOut.nCode * self.dataOut.nBaud)
# processingHeaderSize += sizeOfCode
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
if self.processingHeaderObj.nWindows != 0:
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 self.processingHeaderObj.firstHeight = self.dataOut.heightList[0]
self.processingHeaderObj.deltaHeight = self.dataOut.heightList[1] - self.dataOut.heightList[0]
self.processingHeaderObj.nHeights = self.dataOut.nHeights
self.processingHeaderObj.samplesWin = self.dataOut.nHeights
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 sizeOfFirstHeight = 4
sizeOfdeltaHeight = 4
sizeOfnHeights = 4
sizeOfWindows = (sizeOfFirstHeight + sizeOfdeltaHeight + sizeOfnHeights)*self.processingHeaderObj.nWindows
processingHeaderSize += sizeOfWindows
self.processingHeaderObj.size = processingHeaderSize
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 class SpectraHeisWriter(Operation):
# set = None
setFile = None
idblock = None
doypath = None
subfolder = None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 def __init__(self):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.wrObj = FITS()
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 # self.dataOut = dataOut
self.nTotalBlocks=0
# self.set = None
self.setFile = None
self.idblock = 0
self.wrpath = None
self.doypath = None
self.subfolder = None
self.isConfig = False
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def isNumber(str):
"""
Chequea si el conjunto de caracteres que componen un string puede ser convertidos a un numero.
Excepciones:
Si un determinado string no puede ser convertido a numero
Input:
str, string al cual se le analiza para determinar si convertible a un numero o no
Return:
True : si el string es uno numerico
False : no es un string numerico
"""
try:
float( str )
return True
except:
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 return False
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 def setup(self, dataOut, wrpath):
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
if not(os.path.exists(wrpath)):
os.mkdir(wrpath)
self.wrpath = wrpath
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 # self.setFile = 0
self.dataOut = dataOut
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def putData(self):
Daniel Valdez
Cambio en los atributos: dataIn, dataOut.
 r179 name= time.localtime( self.dataOut.utctime)
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 ext=".fits"
if self.doypath == None:
self.subfolder = 'F%4.4d%3.3d_%d' % (name.tm_year,name.tm_yday,time.mktime(datetime.datetime.now().timetuple()))
self.doypath = os.path.join( self.wrpath, self.subfolder )
os.mkdir(self.doypath)
if self.setFile == None:
# self.set = self.dataOut.set
self.setFile = 0
# if self.set != self.dataOut.set:
## self.set = self.dataOut.set
# self.setFile = 0
#make the filename
file = 'D%4.4d%3.3d_%3.3d%s' % (name.tm_year,name.tm_yday,self.setFile,ext)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 filename = os.path.join(self.wrpath,self.subfolder, file)
idblock = numpy.array([self.idblock],dtype="int64")
header=self.wrObj.cFImage(idblock=idblock,
year=time.gmtime(self.dataOut.utctime).tm_year,
month=time.gmtime(self.dataOut.utctime).tm_mon,
day=time.gmtime(self.dataOut.utctime).tm_mday,
hour=time.gmtime(self.dataOut.utctime).tm_hour,
minute=time.gmtime(self.dataOut.utctime).tm_min,
second=time.gmtime(self.dataOut.utctime).tm_sec)
c=3E8
deltaHeight = self.dataOut.heightList[1] - self.dataOut.heightList[0]
freq=numpy.arange(-1*self.dataOut.nHeights/2.,self.dataOut.nHeights/2.)*(c/(2*deltaHeight*1000))
colList = []
colFreq=self.wrObj.setColF(name="freq", format=str(self.dataOut.nFFTPoints)+'E', array=freq)
colList.append(colFreq)
nchannel=self.dataOut.nChannels
for i in range(nchannel):
col = self.wrObj.writeData(name="PCh"+str(i+1),
format=str(self.dataOut.nFFTPoints)+'E',
data=10*numpy.log10(self.dataOut.data_spc[i,:]))
colList.append(col)
data=self.wrObj.Ctable(colList=colList)
self.wrObj.CFile(header,data)
self.wrObj.wFile(filename)
#update the setFile
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.setFile += 1
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 self.idblock += 1
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 return 1
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340
def run(self, dataOut, **kwargs):
if not(self.isConfig):
self.setup(dataOut, **kwargs)
self.isConfig = True
self.putData()
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
class FITS:
name=None
format=None
array =None
data =None
thdulist=None
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 prihdr=None
hdu=None
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174
def __init__(self):
pass
def setColF(self,name,format,array):
self.name=name
self.format=format
self.array=array
a1=numpy.array([self.array],dtype=numpy.float32)
self.col1 = pyfits.Column(name=self.name, format=self.format, array=a1)
return self.col1
# def setColP(self,name,format,data):
# self.name=name
# self.format=format
# self.data=data
# a2=numpy.array([self.data],dtype=numpy.float32)
# self.col2 = pyfits.Column(name=self.name, format=self.format, array=a2)
# return self.col2
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 def writeData(self,name,format,data):
self.name=name
self.format=format
self.data=data
a2=numpy.array([self.data],dtype=numpy.float32)
self.col2 = pyfits.Column(name=self.name, format=self.format, array=a2)
return self.col2
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 def cFImage(self,idblock,year,month,day,hour,minute,second):
self.hdu= pyfits.PrimaryHDU(idblock)
self.hdu.header.set("Year",year)
self.hdu.header.set("Month",month)
self.hdu.header.set("Day",day)
self.hdu.header.set("Hour",hour)
self.hdu.header.set("Minute",minute)
self.hdu.header.set("Second",second)
return self.hdu
def Ctable(self,colList):
self.cols=pyfits.ColDefs(colList)
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 self.tbhdu = pyfits.new_table(self.cols)
return self.tbhdu
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 def CFile(self,hdu,tbhdu):
self.thdulist=pyfits.HDUList([hdu,tbhdu])
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340
Miguel Valdez
-Optimizacion de los modulos de Signal Chain....
 r174 def wFile(self,filename):
Daniel Valdez
Modificaciones para escribir datos en formato FITS
 r340 if os.path.isfile(filename):
os.remove(filename)
self.thdulist.writeto(filename)
Daniel Valdez
Se agrega una nueva clase de escritura FitsWriter, ademas de las Clases Metadata y ParameterConf, que se usan para leer el archivo xml que configura el header de los archivos FITS.
 r351
class ParameterConf:
ELEMENTNAME = 'Parameter'
def __init__(self):
self.name = ''
self.value = ''
def readXml(self, parmElement):
self.name = parmElement.get('name')
self.value = parmElement.get('value')
def getElementName(self):
return self.ELEMENTNAME
class Metadata:
def __init__(self, filename):
self.parmConfObjList = []
self.readXml(filename)
def readXml(self, filename):
self.projectElement = None
self.procUnitConfObjDict = {}
self.projectElement = ElementTree().parse(filename)
self.project = self.projectElement.tag
parmElementList = self.projectElement.getiterator(ParameterConf().getElementName())
for parmElement in parmElementList:
parmConfObj = ParameterConf()
parmConfObj.readXml(parmElement)
self.parmConfObjList.append(parmConfObj)
class FitsWriter(Operation):
def __init__(self):
self.isConfig = False
self.dataBlocksPerFile = None
self.blockIndex = 0
self.flagIsNewFile = 1
self.fitsObj = None
self.optchar = 'P'
self.ext = '.fits'
self.setFile = 0
def setFitsHeader(self, dataOut, metadatafile):
header_data = pyfits.PrimaryHDU()
metadata4fits = Metadata(metadatafile)
for parameter in metadata4fits.parmConfObjList:
parm_name = parameter.name
parm_value = parameter.value
if parm_value == 'fromdatadatetime':
value = time.strftime("%b %d %Y %H:%M:%S", dataOut.datatime.timetuple())
elif parm_value == 'fromdataheights':
value = dataOut.nHeights
elif parm_value == 'fromdatachannel':
value = dataOut.nChannels
elif parm_value == 'fromdatasamples':
value = dataOut.nFFTPoints
else:
value = parm_value
header_data.header[parm_name] = value
header_data.header['NBLOCK'] = self.blockIndex
header_data.writeto(self.filename)
def setup(self, dataOut, path, dataBlocksPerFile, metadatafile):
self.path = path
self.dataOut = dataOut
self.metadatafile = metadatafile
self.dataBlocksPerFile = dataBlocksPerFile
def open(self):
self.fitsObj = pyfits.open(self.filename, mode='update')
def addData(self, data):
self.open()
extension = pyfits.ImageHDU(data=data, name=self.fitsObj[0].header['DATA'])
extension.header['UTCTIME'] = self.dataOut.utctime
self.fitsObj.append(extension)
self.blockIndex += 1
self.fitsObj[0].header['NBLOCK'] = self.blockIndex
self.write()
def write(self):
self.fitsObj.flush(verbose=True)
self.fitsObj.close()
def setNextFile(self):
ext = self.ext
path = self.path
timeTuple = time.localtime( self.dataOut.utctime)
subfolder = 'd%4.4d%3.3d' % (timeTuple.tm_year,timeTuple.tm_yday)
fullpath = os.path.join( path, subfolder )
if not( os.path.exists(fullpath) ):
os.mkdir(fullpath)
self.setFile = -1 #inicializo mi contador de seteo
else:
filesList = os.listdir( fullpath )
if len( filesList ) > 0:
filesList = sorted( filesList, key=str.lower )
filen = filesList[-1]
if isNumber( filen[8:11] ):
self.setFile = int( filen[8:11] ) #inicializo mi contador de seteo al seteo del ultimo file
else:
self.setFile = -1
else:
self.setFile = -1 #inicializo mi contador de seteo
setFile = self.setFile
setFile += 1
file = '%s%4.4d%3.3d%3.3d%s' % (self.optchar,
timeTuple.tm_year,
timeTuple.tm_yday,
setFile,
ext )
filename = os.path.join( path, subfolder, file )
self.blockIndex = 0
self.filename = filename
self.setFile = setFile
self.flagIsNewFile = 1
print 'Writing the file: %s'%self.filename
self.setFitsHeader(self.dataOut, self.metadatafile)
return 1
def writeBlock(self):
self.addData(self.dataOut.data_spc)
self.flagIsNewFile = 0
def __setNewBlock(self):
if self.flagIsNewFile:
return 1
if self.blockIndex < self.dataBlocksPerFile:
return 1
if not( self.setNextFile() ):
return 0
return 1
def writeNextBlock(self):
if not( self.__setNewBlock() ):
return 0
self.writeBlock()
return 1
def putData(self):
if self.flagIsNewFile:
self.setNextFile()
self.writeNextBlock()
def run(self, dataOut, **kwargs):
if not(self.isConfig):
self.setup(dataOut, **kwargs)
self.isConfig = True
self.putData()
Daniel Valdez
Se agrega el metodo FitsReader y el test FitsExp.py
 r353 class FitsReader(ProcessingUnit):
__TIMEZONE = time.timezone
expName = None
datetimestr = None
utc = None
nChannels = None
nSamples = None
dataBlocksPerFile = None
comments = None
lastUTTime = None
header_dict = None
data = None
data_header_dict = None
def __init__(self):
self.isConfig = False
self.ext = '.fits'
self.setFile = 0
self.flagNoMoreFiles = 0
self.flagIsNewFile = 1
self.flagTimeBlock = None
self.fileIndex = None
self.filename = None
self.fileSize = None
self.fitsObj = None
self.nReadBlocks = 0
self.nTotalBlocks = 0
self.dataOut = self.createObjByDefault()
self.maxTimeStep = 10# deberia ser definido por el usuario usando el metodo setup()
self.blockIndex = 1
def createObjByDefault(self):
dataObj = Fits()
return dataObj
def isFileinThisTime(self, filename, startTime, endTime, useLocalTime=False):
try:
fitsObj = pyfits.open(filename,'readonly')
except:
raise IOError, "The file %s can't be opened" %(filename)
header = fitsObj[0].header
struct_time = time.strptime(header['DATETIME'], "%b %d %Y %H:%M:%S")
utc = time.mktime(struct_time) - time.timezone #TIMEZONE debe ser un parametro del header FITS
ltc = utc
if useLocalTime:
ltc -= time.timezone
thisDatetime = datetime.datetime.utcfromtimestamp(ltc)
thisTime = thisDatetime.time()
if not ((startTime <= thisTime) and (endTime > thisTime)):
return None
return thisDatetime
def __setNextFileOnline(self):
raise ValueError, "No implemented"
def __setNextFileOffline(self):
idFile = self.fileIndex
while (True):
idFile += 1
if not(idFile < len(self.filenameList)):
self.flagNoMoreFiles = 1
print "No more Files"
return 0
filename = self.filenameList[idFile]
# if not(self.__verifyFile(filename)):
# continue
fileSize = os.path.getsize(filename)
fitsObj = pyfits.open(filename,'readonly')
break
self.flagIsNewFile = 1
self.fileIndex = idFile
self.filename = filename
self.fileSize = fileSize
self.fitsObj = fitsObj
print "Setting the file: %s"%self.filename
return 1
def readHeader(self):
headerObj = self.fitsObj[0]
self.header_dict = headerObj.header
self.expName = headerObj.header['EXPNAME']
self.datetimestr = headerObj.header['DATETIME']
struct_time = time.strptime(headerObj.header['DATETIME'], "%b %d %Y %H:%M:%S")
# self.utc = time.mktime(struct_time) - self.__TIMEZONE
self.nChannels = headerObj.header['NCHANNEL']
self.nSamples = headerObj.header['NSAMPLE']
self.dataBlocksPerFile = headerObj.header['NBLOCK']
self.comments = headerObj.header['COMMENT']
def setNextFile(self):
if self.online:
newFile = self.__setNextFileOnline()
else:
newFile = self.__setNextFileOffline()
if not(newFile):
return 0
self.readHeader()
self.nReadBlocks = 0
self.blockIndex = 1
return 1
def __searchFilesOffLine(self,
path,
startDate,
endDate,
startTime=datetime.time(0,0,0),
endTime=datetime.time(23,59,59),
set=None,
expLabel='',
ext='.fits',
walk=True):
pathList = []
if not walk:
pathList.append(path)
else:
dirList = []
for thisPath in os.listdir(path):
if not os.path.isdir(os.path.join(path,thisPath)):
continue
if not isDoyFolder(thisPath):
continue
dirList.append(thisPath)
if not(dirList):
return None, None
thisDate = startDate
while(thisDate <= endDate):
year = thisDate.timetuple().tm_year
doy = thisDate.timetuple().tm_yday
matchlist = fnmatch.filter(dirList, '?' + '%4.4d%3.3d' % (year,doy) + '*')
if len(matchlist) == 0:
thisDate += datetime.timedelta(1)
continue
for match in matchlist:
pathList.append(os.path.join(path,match,expLabel))
thisDate += datetime.timedelta(1)
if pathList == []:
print "Any folder was found for the date range: %s-%s" %(startDate, endDate)
return None, None
print "%d folder(s) was(were) found for the date range: %s - %s" %(len(pathList), startDate, endDate)
filenameList = []
datetimeList = []
for i in range(len(pathList)):
thisPath = pathList[i]
fileList = glob.glob1(thisPath, "*%s" %ext)
fileList.sort()
for file in fileList:
filename = os.path.join(thisPath,file)
thisDatetime = self.isFileinThisTime(filename, startTime, endTime, useLocalTime=True)
if not(thisDatetime):
continue
filenameList.append(filename)
datetimeList.append(thisDatetime)
if not(filenameList):
print "Any file was found for the time range %s - %s" %(startTime, endTime)
return None, None
print "%d file(s) was(were) found for the time range: %s - %s" %(len(filenameList), startTime, endTime)
print
for i in range(len(filenameList)):
print "%s -> [%s]" %(filenameList[i], datetimeList[i].ctime())
self.filenameList = filenameList
self.datetimeList = datetimeList
return pathList, filenameList
def setup(self, path=None,
startDate=None,
endDate=None,
startTime=datetime.time(0,0,0),
endTime=datetime.time(23,59,59),
set=0,
expLabel = "",
ext = None,
online = False,
delay = 60,
walk = True):
if path == None:
raise ValueError, "The path is not valid"
if ext == None:
ext = self.ext
if not(online):
print "Searching files in offline mode ..."
pathList, filenameList = self.__searchFilesOffLine(path, startDate=startDate, endDate=endDate,
startTime=startTime, endTime=endTime,
set=set, expLabel=expLabel, ext=ext,
walk=walk)
if not(pathList):
print "No *%s files into the folder %s \nfor the range: %s - %s"%(ext, path,
datetime.datetime.combine(startDate,startTime).ctime(),
datetime.datetime.combine(endDate,endTime).ctime())
sys.exit(-1)
self.fileIndex = -1
self.pathList = pathList
self.filenameList = filenameList
self.online = online
self.delay = delay
ext = ext.lower()
self.ext = ext
if not(self.setNextFile()):
if (startDate!=None) and (endDate!=None):
print "No files in range: %s - %s" %(datetime.datetime.combine(startDate,startTime).ctime(), datetime.datetime.combine(endDate,endTime).ctime())
elif startDate != None:
print "No files in range: %s" %(datetime.datetime.combine(startDate,startTime).ctime())
else:
print "No files"
sys.exit(-1)
def readBlock(self):
dataObj = self.fitsObj[self.blockIndex]
self.data = dataObj.data
self.data_header_dict = dataObj.header
self.utc = self.data_header_dict['UTCTIME']
self.flagIsNewFile = 0
self.blockIndex += 1
self.nTotalBlocks += 1
self.nReadBlocks += 1
return 1
def __jumpToLastBlock(self):
raise ValueError, "No implemented"
def __waitNewBlock(self):
"""
Return 1 si se encontro un nuevo bloque de datos, 0 de otra forma.
Si el modo de lectura es OffLine siempre retorn 0
"""
if not self.online:
return 0
if (self.nReadBlocks >= self.processingHeaderObj.dataBlocksPerFile):
return 0
currentPointer = self.fp.tell()
neededSize = self.processingHeaderObj.blockSize + self.basicHeaderSize
for nTries in range( self.nTries ):
self.fp.close()
self.fp = open( self.filename, 'rb' )
self.fp.seek( currentPointer )
self.fileSize = os.path.getsize( self.filename )
currentSize = self.fileSize - currentPointer
if ( currentSize >= neededSize ):
self.__rdBasicHeader()
return 1
print "\tWaiting %0.2f seconds for the next block, try %03d ..." % (self.delay, nTries+1)
time.sleep( self.delay )
return 0
def __setNewBlock(self):
if self.online:
self.__jumpToLastBlock()
if self.flagIsNewFile:
return 1
self.lastUTTime = self.utc
if self.online:
if self.__waitNewBlock():
return 1
if self.nReadBlocks < self.dataBlocksPerFile:
return 1
if not(self.setNextFile()):
return 0
deltaTime = self.utc - self.lastUTTime
self.flagTimeBlock = 0
if deltaTime > self.maxTimeStep:
self.flagTimeBlock = 1
return 1
def readNextBlock(self):
if not(self.__setNewBlock()):
return 0
if not(self.readBlock()):
return 0
return 1
def getData(self):
if self.flagNoMoreFiles:
self.dataOut.flagNoData = True
print 'Process finished'
return 0
self.flagTimeBlock = 0
self.flagIsNewBlock = 0
if not(self.readNextBlock()):
return 0
if self.data == None:
self.dataOut.flagNoData = True
return 0
self.dataOut.data = self.data
self.dataOut.data_header = self.data_header_dict
self.dataOut.utctime = self.utc
self.dataOut.header = self.header_dict
self.dataOut.expName = self.expName
self.dataOut.nChannels = self.nChannels
self.dataOut.nSamples = self.nSamples
self.dataOut.dataBlocksPerFile = self.dataBlocksPerFile
self.dataOut.comments = self.comments
self.dataOut.flagNoData = False
return self.dataOut.data
def run(self, **kwargs):
if not(self.isConfig):
self.setup(**kwargs)
self.isConfig = True
self.getData()