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r1287:af11e4aac00c
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jroproc_correlation.py
178 lines | 6.7 KiB | text/x-python | PythonLexer
/ schainpy / model / proc / jroproc_correlation.py
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Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 import numpy
George Yong
Python 2to3, Spectra (all operations) working
 r1167 from .jroproc_base import ProcessingUnit, Operation
Juan C. Espinoza
Rewrite controller, remove MPDecorator to units (keep for plots an writers) use of queues for interproc comm instead of zmq, self operations are no longer supported
 r1287 from schainpy.model.data.jrodata import Correlation
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502
class CorrelationProc(ProcessingUnit):
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 pairsList = None
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 data_cf = None
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
def __init__(self, **kwargs):
ProcessingUnit.__init__(self, **kwargs)
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 self.objectDict = {}
self.buffer = None
self.firstdatatime = None
self.profIndex = 0
self.dataOut = Correlation()
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Miguel Valdez
Signal Chain GUI updated:...
 r587 def __updateObjFromVoltage(self):
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 self.dataOut.timeZone = self.dataIn.timeZone
self.dataOut.dstFlag = self.dataIn.dstFlag
self.dataOut.errorCount = self.dataIn.errorCount
self.dataOut.useLocalTime = self.dataIn.useLocalTime
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 self.dataOut.radarControllerHeaderObj = self.dataIn.radarControllerHeaderObj.copy()
self.dataOut.systemHeaderObj = self.dataIn.systemHeaderObj.copy()
self.dataOut.channelList = self.dataIn.channelList
self.dataOut.heightList = self.dataIn.heightList
self.dataOut.dtype = numpy.dtype([('real','<f4'),('imag','<f4')])
# self.dataOut.nHeights = self.dataIn.nHeights
# self.dataOut.nChannels = self.dataIn.nChannels
self.dataOut.nBaud = self.dataIn.nBaud
self.dataOut.nCode = self.dataIn.nCode
self.dataOut.code = self.dataIn.code
# self.dataOut.nProfiles = self.dataOut.nFFTPoints
Miguel Valdez
Merge with branch schain_julia_drifts from rev. 803 to 995....
 r568 self.dataOut.flagDiscontinuousBlock = self.dataIn.flagDiscontinuousBlock
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 self.dataOut.utctime = self.firstdatatime
self.dataOut.flagDecodeData = self.dataIn.flagDecodeData #asumo q la data esta decodificada
self.dataOut.flagDeflipData = self.dataIn.flagDeflipData #asumo q la data esta sin flip
Julio Valdez
Correction to Spaced Antenna libraries
 r762 self.dataOut.nCohInt = self.dataIn.nCohInt
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 # self.dataOut.nIncohInt = 1
self.dataOut.ippSeconds = self.dataIn.ippSeconds
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 self.dataOut.nProfiles = self.dataIn.nProfiles
self.dataOut.utctime = self.dataIn.utctime
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 # self.dataOut.windowOfFilter = self.dataIn.windowOfFilter
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Miguel Valdez
Signal Chain GUI updated:...
 r587 # self.dataOut.timeInterval = self.dataIn.timeInterval*self.dataOut.nPoints
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 def removeDC(self, jspectra):
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 nChannel = jspectra.shape[0]
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 for i in range(nChannel):
jspectra_tmp = jspectra[i,:,:]
jspectra_DC = numpy.mean(jspectra_tmp,axis = 0)
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 jspectra_tmp = jspectra_tmp - jspectra_DC
jspectra[i,:,:] = jspectra_tmp
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 return jspectra
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 def removeNoise(self, mode = 2):
indR = numpy.where(self.dataOut.lagR == 0)[0][0]
indT = numpy.where(self.dataOut.lagT == 0)[0][0]
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 jspectra = self.dataOut.data_corr[:,:,indR,:]
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 num_chan = jspectra.shape[0]
num_hei = jspectra.shape[2]
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 freq_dc = indT
ind_vel = numpy.array([-2,-1,1,2]) + freq_dc
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 NPot = self.dataOut.getNoise(mode)
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897 jspectra[:,freq_dc,:] = jspectra[:,freq_dc,:] - NPot
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 SPot = jspectra[:,freq_dc,:]
pairsAutoCorr = self.dataOut.getPairsAutoCorr()
# self.dataOut.signalPotency = SPot
self.dataOut.noise = NPot
self.dataOut.SNR = (SPot/NPot)[pairsAutoCorr]
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897 self.dataOut.data_corr[:,:,indR,:] = jspectra
return 1
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 def run(self, lags=None, mode = 'time', pairsList=None, fullBuffer=False, nAvg = 1, removeDC = False, splitCF=False):
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 self.dataOut.flagNoData = True
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 if self.dataIn.type == "Correlation":
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 self.dataOut.copy(self.dataIn)
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 return
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Processing Modules added:...
 r502 if self.dataIn.type == "Voltage":
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 nChannels = self.dataIn.nChannels
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897 nProfiles = self.dataIn.nProfiles
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 nHeights = self.dataIn.nHeights
data_pre = self.dataIn.data
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 #--------------- Remover DC ------------
if removeDC:
data_pre = self.removeDC(data_pre)
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 #---------------------------------------------
# pairsList = list(ccfList)
# for i in acfList:
# pairsList.append((i,i))
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897 #
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 # ccf_pairs = numpy.arange(len(ccfList))
# acf_pairs = numpy.arange(len(ccfList),len(pairsList))
self.__updateObjFromVoltage()
#----------------------------------------------------------------------
#Creating temporal buffers
if fullBuffer:
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897 tmp = numpy.zeros((len(pairsList), len(lags), nProfiles, nHeights), dtype = 'complex')*numpy.nan
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 elif mode == 'time':
if lags == None:
lags = numpy.arange(-nProfiles+1, nProfiles)
tmp = numpy.zeros((len(pairsList), len(lags), nHeights),dtype='complex')
elif mode == 'height':
if lags == None:
lags = numpy.arange(-nHeights+1, nHeights)
tmp = numpy.zeros(len(pairsList), (len(lags), nProfiles),dtype='complex')
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 #For loop
for l in range(len(pairsList)):
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 ch0 = pairsList[l][0]
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897 ch1 = pairsList[l][1]
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 for i in range(len(lags)):
idx = lags[i]
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 if idx >= 0:
if mode == 'time':
ccf0 = data_pre[ch0,:nProfiles-idx,:]*numpy.conj(data_pre[ch1,idx:,:]) #time
else:
ccf0 = data_pre[ch0,:,nHeights-idx]*numpy.conj(data_pre[ch1,:,idx:]) #heights
else:
if mode == 'time':
ccf0 = data_pre[ch0,-idx:,:]*numpy.conj(data_pre[ch1,:nProfiles+idx,:]) #time
else:
ccf0 = data_pre[ch0,:,-idx:]*numpy.conj(data_pre[ch1,:,:nHeights+idx]) #heights
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 if fullBuffer:
tmp[l,i,:ccf0.shape[0],:] = ccf0
else:
tmp[l,i,:] = numpy.sum(ccf0, axis=0)
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 #-----------------------------------------------------------------
if fullBuffer:
tmp = numpy.sum(numpy.reshape(tmp,(tmp.shape[0],tmp.shape[1],tmp.shape[2]/nAvg,nAvg,tmp.shape[3])),axis=3)
self.dataOut.nAvg = nAvg
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 self.dataOut.data_cf = tmp
self.dataOut.mode = mode
self.dataOut.nLags = len(lags)
self.dataOut.pairsList = pairsList
self.dataOut.nPairs = len(pairsList)
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 #Se Calcula los factores de Normalizacion
if mode == 'time':
delta = self.dataIn.ippSeconds*self.dataIn.nCohInt
else:
delta = self.dataIn.heightList[1] - self.dataIn.heightList[0]
self.dataOut.lagRange = numpy.array(lags)*delta
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897 # self.dataOut.nCohInt = self.dataIn.nCohInt*nAvg
Julio Valdez
Changes in Correlations Processing unit
 r854 self.dataOut.flagNoData = False
Juan C. Espinoza
Add changes made by J. Oscanoa (jasmet)
 r989 # a = self.dataOut.normFactor
José Chávez
cambiados los kwargs para cada operacion/unidad de procesamiento
 r897 return