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r49:6f5fecf4762e
r49:6f5fecf4762e
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DataIO.py
1513 lines | 50.7 KiB | text/x-python | PythonLexer
/ schainpy / IO / DataIO.py
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'''
Created on 23/01/2012
@author $Author$
@version $Id$
'''
import os, sys
import glob
import time
import numpy
path = os.path.split(os.getcwd())[0]
sys.path.append(path)
from Model.JROHeader import *
def checkForRealPath( path, year, doy, set, ext ):
"""
Por ser Linux Case Sensitive entonces checkForRealPath encuentra el nombre correcto de un path,
Prueba por varias combinaciones de nombres entre mayusculas y minusculas para determinar
el path exacto de un determinado file.
Example :
nombre correcto del file es ../RAWDATA/D2009307/P2009307367
Entonces la funcion prueba con las siguientes combinaciones
../RAWDATA/d2009307/p2009307367
../RAWDATA/d2009307/P2009307367
../RAWDATA/D2009307/p2009307367
../RAWDATA/D2009307/P2009307367
siendo para este caso, la ultima combinacion de letras, identica al file buscado
Return:
Si encuentra la cobinacion adecuada devuelve el path completo y el nombre del file
caso contrario devuelve None como path y el la ultima combinacion de nombre en mayusculas
para el filename
"""
filepath = None
find_flag = False
filename = None
for dir in "dD": #barrido por las dos combinaciones posibles de "D"
for fil in "dD": #barrido por las dos combinaciones posibles de "D"
doypath = "%s%04d%03d" % ( dir, year, doy ) #formo el nombre del directorio xYYYYDDD (x=d o x=D)
filename = "%s%04d%03d%03d%s" % ( fil, year, doy, set, ext ) #formo el nombre del file xYYYYDDDSSS.ext (p=d o p=D)
filepath = os.path.join( path, doypath, filename ) #formo el path completo
if os.path.exists( filepath ): #verifico que exista
find_flag = True
break
if find_flag:
break
if not(find_flag):
return None, filename
return filepath, filename
def isNumber( str ):
"""
Chequea si el conjunto de caracteres que componen un string puede ser convertidos a un numero.
Excepciones:
Si un determinado string no puede ser convertido a numero
Input:
str, string al cual se le analiza para determinar si convertible a un numero o no
Return:
True : si el string es uno numerico
False : no es un string numerico
"""
try:
float( str )
return True
except:
return False
def isThisFileinRange(filename, startUTSeconds, endUTSeconds):
"""
Esta funcion determina si un archivo de datos en formato Jicamarca(.r) se encuentra
o no dentro del rango de fecha especificado.
Inputs:
filename : nombre completo del archivo de datos en formato Jicamarca (.r)
startUTSeconds : fecha inicial del rango seleccionado. La fecha esta dada en
segundos contados desde 01/01/1970.
endUTSeconds : fecha final del rango seleccionado. La fecha esta dada en
segundos contados desde 01/01/1970.
Return:
Boolean : Retorna True si el archivo de datos contiene datos en el rango de
fecha especificado, de lo contrario retorna False.
Excepciones:
Si el archivo no existe o no puede ser abierto
Si la cabecera no puede ser leida.
"""
m_BasicHeader = BasicHeader()
try:
fp = open(filename,'rb')
except:
raise IOError, "The file %s can't be opened" %(filename)
if not(m_BasicHeader.read(fp)):
raise IOError, "The file %s has not a valid header" %(filename)
fp.close()
if not ((startUTSeconds <= m_BasicHeader.utc) and (endUTSeconds >= m_BasicHeader.utc)):
return 0
return 1
def getlastFileFromPath( pathList, ext ):
"""
Depura el pathList dejando solo los que cumplan el formato de "PYYYYDDDSSS.ext"
al final de la depuracion devuelve el ultimo file de la lista que quedo.
Input:
pathList : lista conteniendo todos los filename completos que componen una determinada carpeta
ext : extension de los files contenidos en una carpeta
Return:
El ultimo file de una determinada carpeta
"""
filesList = []
filename = None
# 0 1234 567 89A BCDE
# D YYYY DDD SSS .ext
for filename in pathList:
year = filename[1:5]
doy = filename[5:8]
leng = len( ext )
if ( filename[-leng:].upper() != ext.upper() ) : continue
if not( isNumber( year ) ) : continue
if not( isNumber( doy ) ) : continue
filesList.append(filename)
if len( filesList ) > 0:
filesList = sorted( filesList, key=str.lower )
filename = filesList[-1]
return filename
class DataReader():
def __init__(self):
pass
class DataWriter():
def __init__(self):
pass
class JRODataReader():
"""
Esta clase es usada como la clase padre de las clases VoltageReader and SpectraReader,
contiene todos lo metodos necesarios para leer datos desde archivos en formato
Jicamarca (.r o .pdata). La lectura de los datos siempre se realiza por bloques. Los datos
leidos son array de 3 dimensiones:
perfiles*alturas*canales
y son almacenados en la variable "datablock".
Esta clase contiene instancias (objetos) de las clases BasicHeader, SystemHeader,
RadarControllerHeader y DataObj. Los tres primeros se usan para almacenar informacion de la
cabecera de datos (metadata), y el cuarto (DataObj) para obtener y almacenar los datos desde
el "datablock" cada vez que se ejecute el metodo "getData".
"""
m_BasicHeader = BasicHeader()
m_SystemHeader = SystemHeader()
m_RadarControllerHeader = RadarControllerHeader()
m_ProcessingHeader = ProcessingHeader()
m_DataObj = None
online = 0
__startDateTime = None
__endDateTime = None
__fp = None
__fileSizeByHeader = None
__pathList = []
__filenameList = []
__fileIndex = None
filename = None
fileSize = None
firstHeaderSize = 0
basicHeaderSize = 24
__dataType = None
__blocksize = 0
datablock = None
__datablockIndex = None
__pts2read = 0
#Parametros para el procesamiento en linea
__year = 0
__doy = 0
__set = 0
__ext = None
__path = None
__delay = 60 #seconds
__nTries = 3 #quantity tries
__nFiles = 3 #number of files for searching
#speed of light
__c = 3E8
def __init__(self):
"""
Inicializador
"""
raise ValueError, "This class has not been implemented"
def __rdSystemHeader(self,fp=None):
if fp == None:
fp = self.__fp
self.m_SystemHeader.read(fp)
def __rdRadarControllerHeader(self,fp=None):
if fp == None:
fp = self.__fp
self.m_RadarControllerHeader.read(fp)
def __rdProcessingHeader(self,fp=None):
if fp == None:
fp = self.__fp
self.m_ProcessingHeader.read(fp)
def __rdBasicHeader(self, fp=None):
if fp == None:
fp = self.__fp
self.m_BasicHeader.read(fp)
def __readFirstHeader(self):
self.__rdBasicHeader()
self.__rdSystemHeader()
self.__rdRadarControllerHeader()
self.__rdProcessingHeader()
self.firstHeaderSize = self.m_BasicHeader.size
data_type=int(numpy.log2((self.m_ProcessingHeader.processFlags & PROCFLAG.DATATYPE_MASK))-numpy.log2(PROCFLAG.DATATYPE_CHAR))
if data_type == 0:
tmp = numpy.dtype([('real','<i1'),('imag','<i1')])
elif data_type == 1:
tmp = numpy.dtype([('real','<i2'),('imag','<i2')])
elif data_type == 2:
tmp = numpy.dtype([('real','<i4'),('imag','<i4')])
elif data_type == 3:
tmp = numpy.dtype([('real','<i8'),('imag','<i8')])
elif data_type == 4:
tmp = numpy.dtype([('real','<f4'),('imag','<f4')])
elif data_type == 5:
tmp = numpy.dtype([('real','<f8'),('imag','<f8')])
else:
raise ValueError, 'Data type was not defined'
xi = self.m_ProcessingHeader.firstHeight
step = self.m_ProcessingHeader.deltaHeight
xf = xi + self.m_ProcessingHeader.numHeights*step
self.__heights = numpy.arange(xi, xf, step)
self.__dataType = tmp
self.__fileSizeByHeader = self.m_ProcessingHeader.dataBlocksPerFile * self.m_ProcessingHeader.blockSize + self.firstHeaderSize + self.basicHeaderSize*(self.m_ProcessingHeader.dataBlocksPerFile - 1)
self.__ippSeconds = 2*1000*self.m_RadarControllerHeader.ipp/self.__c
self.__pts2read = self.m_ProcessingHeader.profilesPerBlock * self.m_ProcessingHeader.numHeights * self.m_SystemHeader.numChannels
self.__blocksize = self.__pts2read
def __setNextFileOnline( self ):
"""
Busca el siguiente file que tenga suficiente data para ser leida, dentro de un folder especifico, si
no encuentra un file valido espera un tiempo determinado y luego busca en los posibles n files
siguientes.
Affected:
self.__flagNewFile
self.filename
self.fileSize
self.__fp
self.__set
self.flagNoMoreFiles
Return:
0 : si luego de una busqueda del siguiente file valido este no pudo ser encontrado
1 : si el file fue abierto con exito y esta listo a ser leido
Excepciones:
Si un determinado file no puede ser abierto
"""
countFiles = 0
countTries = 0
fileStatus = 0
notFirstTime_flag = False
bChangeDir = False
fileSize = 0
fp = None
self.__flagNewFile = 0
#este loop permite llevar la cuenta de intentos, de files y carpetas, si no encuentra alguno sale del bucle
while( True ):
countFiles += 1
if countFiles > (self.__nFiles + 1):
break
self.__set += 1
if countFiles > self.__nFiles: #si no encuentro el file buscado cambio de carpeta y busco en la siguiente carpeta
self.__set = 0
self.__doy += 1
bChangeDir = True
file = None
filename = None
countTries = 0
#espero hasta encontrar el 1er file disponible
while( True ):
countTries += 1
if( countTries >= self.__nTries ): #checkeo que no haya ido mas alla de la cantidad de intentos
break
file, filename = checkForRealPath( self.__path, self.__year, self.__doy, self.__set, self.__ext )
if file != None:
break
if notFirstTime_flag: #este flag me sirve solo para esperar por el 1er file, en lo siguientes no espera solo checkea si existe o no
countTries = self.__nTries
print "\tsearching next \"%s\" file ..." % filename
break
print "\twaiting new \"%s\" file ..." % filename
time.sleep( self.__delay )
if countTries >= self.__nTries: #se realizaron n intentos y no hubo un file nuevo
notFirstTime_flag = True
continue #vuelvo al inico del while principal
countTries = 0
#una vez que se obtuvo el 1er file valido se procede a checkear su contenido, y se espera una cierta cantidad
#de tiempo por una cierta cantidad de veces hasta que el contenido del file sea un contenido valido
while( True ):
countTries += 1
if countTries > self.__nTries:
break
try:
fp = open(file)
except:
print "The file \"%s\" can't be opened" % file
break
fileSize = os.path.getsize( file )
currentSize = fileSize - fp.tell()
neededSize = self.m_ProcessingHeader.blockSize + self.firstHeaderSize
if currentSize > neededSize:
fileStatus = 1
break
fp.close()
if bChangeDir: #si al buscar un file cambie de directorio ya no espero y salgo del bucle while
print "\tsearching next \"%s\" file ..." % filename
break
print "\twaiting for block of \"%s\" file ..." % filename
time.sleep( self.__delay )
if fileStatus == 1:
break
print "Skipping the file \"%s\" due to this files is empty" % filename
countFiles = 0
if fileStatus == 1:
self.fileSize = fileSize
self.filename = file
self.__flagNewFile = 1
self.__fp = fp
self.flagNoMoreFiles = 0
print 'Setting the file: %s' % file
else:
self.fileSize = 0
self.filename = None
self.__fp = None
self.flagNoMoreFiles = 1
print 'No more Files'
return fileStatus
def __setNextFileOffline(self):
idFile = self.__fileIndex
while(True):
idFile += 1
if not(idFile < len(self.__filenameList)):
self.flagNoMoreFiles = 1
return 0
filename = self.__filenameList[idFile]
fileSize = os.path.getsize(filename)
try:
fp = open(filename,'rb')
except:
raise IOError, "The file %s can't be opened" %filename
currentSize = fileSize - fp.tell()
neededSize = self.m_ProcessingHeader.blockSize + self.firstHeaderSize
if (currentSize < neededSize):
print "Skipping the file %s due to it hasn't enough data" %filename
continue
break
self.__flagNewFile = 1
self.__fileIndex = idFile
self.filename = filename
self.fileSize = fileSize
self.__fp = fp
print 'Setting the file: %s'%self.filename
return 1
def __setNextFile( self ):
"""
Determina el siguiente file a leer y si hay uno disponible lee el First Header
Affected:
self.m_BasicHeader
self.m_SystemHeader
self.m_RadarControllerHeader
self.m_ProcessingHeader
self.firstHeaderSize
Return:
0 : Si no hay files disponibles
1 : Si hay mas files disponibles
"""
if self.__fp != None:
self.__fp.close()
if self.online:
newFile = self.__setNextFileOnline()
else:
newFile = self.__setNextFileOffline()
if not(newFile):
return 0
self.__readFirstHeader()
return 1
def __setNewBlock( self ):
"""
Lee el Basic Header y posiciona le file pointer en la posicion inicial del bloque a leer
Affected:
self.m_BasicHeader
self.flagNoContinuousBlock
self.ns
Return:
0 : Si el file no tiene un Basic Header que pueda ser leido
1 : Si se pudo leer el Basic Header
"""
if self.__fp == None:
return 0
if self.__flagNewFile:
return 1
currentSize = self.fileSize - self.__fp.tell()
neededSize = self.m_ProcessingHeader.blockSize + self.basicHeaderSize
#If there is enough data setting new data block
if ( currentSize >= neededSize ):
self.__rdBasicHeader()
return 1
elif self.online:
nTries = 0
while( nTries < self.__nTries ):
nTries += 1
print "Waiting for the next block, try %03d ..." % nTries
time.sleep( self.__delay )
fileSize = os.path.getsize(self.filename)
currentSize = fileSize - self.__fp.tell()
neededSize = self.m_ProcessingHeader.blockSize + self.basicHeaderSize
if ( currentSize >= neededSize ):
self.__rdBasicHeader()
return 1
#Setting new file
if not( self.__setNextFile() ):
return 0
deltaTime = self.m_BasicHeader.utc - self.__lastUTTime # check this
self.flagNoContinuousBlock = 0
if deltaTime > self.__maxTimeStep:
self.flagNoContinuousBlock = 1
self.nReadBlocks = 0
return 1
def __readBlock(self):
"""
__readBlock lee el bloque de datos desde la posicion actual del puntero del archivo
(self.__fp) y actualiza todos los parametros relacionados al bloque de datos
(metadata + data). La data leida es almacenada en el buffer y el contador del buffer
es seteado a 0
Inputs:
None
Return:
None
Variables afectadas:
self.__datablockIndex
self.datablock
self.__flagNewFile
self.__flagNewBlock
self.nReadBlocks
"""
#pts2read = self.m_ProcessingHeader.profilesPerBlock*self.m_ProcessingHeader.numHeights*self.m_SystemHeader.numChannels
fpointer = self.__fp.tell()
junk = numpy.fromfile( self.__fp, self.__dataType, self.__pts2read )
if self.online:
if junk.size != self.__blocksize:
nTries = 0
while( nTries < self.__nTries ):
nTries += 1
print "Waiting for the next block, try %03d ..." % nTries
time.sleep( self.__delay )
self.__fp.seek( fpointer )
fpointer = self.__fp.tell()
junk = numpy.fromfile( self.__fp, self.__dataType, self.__pts2read )
if junk.size == self.__blocksize:
nTries = 0
break
if nTries > 0:
return
junk = junk.reshape( (self.m_ProcessingHeader.profilesPerBlock, self.m_ProcessingHeader.numHeights, self.m_SystemHeader.numChannels) )
data = junk['real'] + junk['imag']*1j
self.__datablockIndex = 0
self.datablock = data
self.__flagNewFile = 0
self.__flagNewBlock = 1
self.nReadBlocks += 1
def __hasNotDataInBuffer(self):
if self.__datablockIndex >= self.m_ProcessingHeader.profilesPerBlock:
return 1
return 0
def __searchFilesOnLine( self, path, startDateTime=None, ext = ".r" ):
"""
Busca el ultimo archivo de la ultima carpeta (determinada o no por startDateTime) y
devuelve el archivo encontrado ademas de otros datos.
Input:
path : carpeta donde estan contenidos los files que contiene data
startDateTime : punto especifico en el tiempo del cual se requiere la data
ext : extension de los files
Return:
year : el anho
doy : el numero de dia del anho
set : el set del archivo
filename : el ultimo file de una determinada carpeta
directory : eL directorio donde esta el file encontrado
"""
print "Searching files ..."
dirList = []
directory = None
if startDateTime == None:
for thisPath in os.listdir(path):
if os.path.isdir( os.path.join(path,thisPath) ):
dirList.append( thisPath )
dirList = sorted( dirList, key=str.lower ) #para que quede ordenado al margen de si el nombre esta en mayusculas o minusculas, utilizo la funcion sorted
if len(dirList) > 0 :
directory = dirList[-1]
else:
year = startDateTime.timetuple().tm_year
doy = startDateTime.timetuple().tm_yday
doyPath = "D%04d%03d" % (year,doy) #caso del nombre en mayusculas
if os.path.isdir( os.path.join(path,doyPath) ):
directory = doyPath
doyPath = doyPath.lower() #caso del nombre en minusculas
if os.path.isdir( os.path.join(path,doyPath) ):
directory = doyPath
if directory == None:
return 0, 0, 0, None, None
filename = getlastFileFromPath( os.listdir( os.path.join(path,directory) ), ext )
if filename == None:
return 0, 0, 0, None, None
year = int( directory[-7:-3] )
doy = int( directory[-3:] )
ln = len( ext )
set = int( filename[-ln-3:-ln] )
return year, doy, set, filename, directory
def __searchFilesOffLine(self, path, startDateTime, endDateTime, set=None, expLabel = "", ext = ".r"):
"""
Realiza una busqueda de los archivos que coincidan con los parametros
especificados y se encuentren ubicados en el path indicado. Para realizar una busqueda
correcta la estructura de directorios debe ser la siguiente:
...path/D[yyyy][ddd]/expLabel/D[yyyy][ddd][sss].ext
[yyyy]: anio
[ddd] : dia del anio
[sss] : set del archivo
Inputs:
path : Directorio de datos donde se realizara la busqueda. Todos los
ficheros que concidan con el criterio de busqueda seran
almacenados en una lista y luego retornados.
startDateTime : Fecha inicial. Rechaza todos los archivos donde
file end time < startDateTime (obejto datetime.datetime)
endDateTime : Fecha final. Rechaza todos los archivos donde
file start time > endDateTime (obejto datetime.datetime)
set : Set del primer archivo a leer. Por defecto None
expLabel : Nombre del subdirectorio de datos. Por defecto ""
ext : Extension de los archivos a leer. Por defecto .r
Return:
(pathList, filenameList)
pathList : Lista de directorios donde se encontraron archivos dentro
de los parametros especificados
filenameList : Lista de archivos (ruta completa) que coincidieron con los
parametros especificados.
Variables afectadas:
self.__filenameList: Lista de archivos (ruta completa) que la clase utiliza
como fuente para leer los bloque de datos, si se termina
de leer todos los bloques de datos de un determinado
archivo se pasa al siguiente archivo de la lista.
Excepciones:
"""
print "Searching files ..."
dirList = []
for thisPath in os.listdir(path):
if os.path.isdir(os.path.join(path,thisPath)):
dirList.append(thisPath)
pathList = []
thisDateTime = startDateTime
while(thisDateTime <= endDateTime):
year = thisDateTime.timetuple().tm_year
doy = thisDateTime.timetuple().tm_yday
match = fnmatch.filter(dirList, '?' + '%4.4d%3.3d' % (year,doy))
if len(match) == 0:
thisDateTime += datetime.timedelta(1)
continue
pathList.append(os.path.join(path,match[0],expLabel))
thisDateTime += datetime.timedelta(1)
startUtSeconds = time.mktime(startDateTime.timetuple())
endUtSeconds = time.mktime(endDateTime.timetuple())
filenameList = []
for thisPath in pathList:
fileList = glob.glob1(thisPath, "*%s" %ext)
fileList.sort()
for file in fileList:
filename = os.path.join(thisPath,file)
if isThisFileinRange(filename, startUtSeconds, endUtSeconds):
filenameList.append(filename)
self.__filenameList = filenameList
return pathList, filenameList
def __initFilesOnline( self, path, dirfilename, filename ):
"""
Verifica que el primer file tenga una data valida, para ello leo el 1er bloque
del file, si no es un file valido espera una cierta cantidad de tiempo a que
lo sea, si transcurrido el tiempo no logra validar el file entonces el metodo
devuelve 0 caso contrario devuelve 1
Affected:
m_BasicHeader
Return:
0 : file no valido para ser leido
1 : file valido para ser leido
"""
m_BasicHeader = BasicHeader()
file = os.path.join( path, dirfilename, filename )
nTries = 0
while(True):
nTries += 1
if nTries > self.__nTries:
break
try:
fp = open( file,'rb' ) #lectura binaria
except:
raise IOError, "The file %s can't be opened" %(file)
try:
m_BasicHeader.read(fp)
except:
print "The file %s is empty" % filename
fp.close()
if m_BasicHeader.size > 24:
break
print 'waiting for new block: try %02d' % ( nTries )
time.sleep( self.__delay)
if m_BasicHeader.size <= 24:
return 0
return 1
def setup(self, path, startDateTime, endDateTime=None, set=None, expLabel = "", ext = ".r", online = 0):
"""
setup configura los parametros de lectura de la clase VoltageReader.
Si el modo de lectura es offline, primero se realiza una busqueda de todos los archivos
que coincidan con los parametros especificados; esta lista de archivos son almacenados en
self.__filenameList.
Input:
path : Directorios donde se ubican los datos a leer. Dentro de este
directorio deberia de estar subdirectorios de la forma:
path/D[yyyy][ddd]/expLabel/P[yyyy][ddd][sss][ext]
startDateTime : Fecha inicial. Rechaza todos los archivos donde
file end time < startDatetime (obejto datetime.datetime)
endDateTime : Fecha final. Si no es None, rechaza todos los archivos donde
file end time < startDatetime (obejto datetime.datetime)
set : Set del primer archivo a leer. Por defecto None
expLabel : Nombre del subdirectorio de datos. Por defecto ""
ext : Extension de los archivos a leer. Por defecto .r
online : Si es == a 0 entonces busca files que cumplan con las condiciones dadas
Return:
0 : Si no encuentra files que cumplan con las condiciones dadas
1 : Si encuentra files que cumplan con las condiciones dadas
Affected:
self.startUTCSeconds
self.endUTCSeconds
self.startYear
self.endYear
self.startDoy
self.endDoy
self.__pathList
self.__filenameList
self.online
"""
if online:
nTries = 0
while( nTries < self.__nTries ):
nTries += 1
subfolder = "D%04d%03d" % ( startDateTime.timetuple().tm_year, startDateTime.timetuple().tm_yday )
year, doy, set, filename, dirfilename = self.__searchFilesOnLine( path, startDateTime, ext )
if filename == None:
file = os.path.join( path, subfolder )
print "Searching first file in \"%s\", try %03d ..." % ( file, nTries )
time.sleep( self.__delay )
else:
break
if filename == None:
print "No files On Line"
return 0
if self.__initFilesOnline( path, dirfilename, filename ) == 0:
print "The file %s hasn't enough data"
return 0
self.__year = year
self.__doy = doy
self.__set = set - 1
self.__path = path
else:
pathList, filenameList = self.__searchFilesOffLine( path, startDateTime, endDateTime, set, expLabel, ext )
self.__fileIndex = -1
self.__pathList = pathList
self.__filenameList = filenameList
self.online = online
self.__ext = ext
if not( self.__setNextFile() ):
if (startDateTime != None) and (endDateTime != None):
print "No files in range: %s - %s" %(startDateTime.ctime(), endDateTime.ctime())
elif startDateTime != None:
print "No files in : %s" % startDateTime.ctime()
else:
print "No files"
return 0
if startDateTime != None:
self.startUTCSeconds = time.mktime(startDateTime.timetuple())
self.startYear = startDateTime.timetuple().tm_year
self.startDoy = startDateTime.timetuple().tm_yday
if endDateTime != None:
self.endUTCSeconds = time.mktime(endDateTime.timetuple())
self.endYear = endDateTime.timetuple().tm_year
self.endDoy = endDateTime.timetuple().tm_yday
#call fillHeaderValues() - to Data Object
self.m_Voltage.m_BasicHeader = self.m_BasicHeader.copy()
self.m_Voltage.m_ProcessingHeader = self.m_ProcessingHeader.copy()
self.m_Voltage.m_RadarControllerHeader = self.m_RadarControllerHeader.copy()
self.m_Voltage.m_SystemHeader = self.m_SystemHeader.copy()
self.m_Voltage.dataType = self.__dataType
return 1
def readNextBlock( self ):
"""
Establece un nuevo bloque de datos a leer y los lee, si es que no existiese
mas bloques disponibles en el archivo actual salta al siguiente.
Affected:
self.__lastUTTime
Return: None
"""
if not(self.__setNewBlock()):
return 0
self.__readBlock()
self.__lastUTTime = self.m_BasicHeader.utc
return 1
def getData( self ):
"""
getData obtiene una unidad de datos del buffer de lectura y la copia a la clase "Voltage"
con todos los parametros asociados a este (metadata). cuando no hay datos en el buffer de
lectura es necesario hacer una nueva lectura de los bloques de datos usando "readNextBlock"
Ademas incrementa el contador del buffer en 1.
Return:
data : retorna un perfil de voltages (alturas * canales) copiados desde el
buffer. Si no hay mas archivos a leer retorna None.
Variables afectadas:
self.m_Voltage
self.__datablockIndex
Affected:
self.m_Voltage
self.__datablockIndex
self.flagNoContinuousBlock
self.__flagNewBlock
"""
self.flagNoContinuousBlock = 0
self.__flagNewBlock = 0
if self.__hasNotDataInBuffer():
self.readNextBlock()
self.m_Voltage.m_BasicHeader = self.m_BasicHeader.copy()
self.m_Voltage.m_ProcessingHeader = self.m_ProcessingHeader.copy()
self.m_Voltage.m_RadarControllerHeader = self.m_RadarControllerHeader.copy()
self.m_Voltage.m_SystemHeader = self.m_SystemHeader.copy()
self.m_Voltage.heights = self.__heights
self.m_Voltage.dataType = self.__dataType
if self.flagNoMoreFiles == 1:
print 'Process finished'
return None
#data es un numpy array de 3 dmensiones (perfiles, alturas y canales)
time = self.m_BasicHeader.utc + self.__datablockIndex * self.__ippSeconds
self.m_Voltage.m_BasicHeader.utc = time
self.m_Voltage.flagNoData = False
self.m_Voltage.flagNoContinuousBlock = self.flagNoContinuousBlock
self.m_Voltage.data = self.datablock[self.__datablockIndex,:,:]
self.m_Voltage.profileIndex = self.__datablockIndex
self.__datablockIndex += 1
#call setData - to Data Object
return self.m_Voltage.data
#class VoltageWriter(DataWriter):
# """
# Esta clase permite escribir datos de voltajes a archivos procesados (.r). La escritura
# de los datos siempre se realiza por bloques.
# """
# __configHeaderFile = 'wrSetHeadet.txt'
#
# def __init__( self, m_Voltage = None ):
# """
# Inicializador de la clase VoltageWriter para la escritura de datos de espectros.
#
# Affected:
# self.m_Voltage
# self.m_BasicHeader
# self.m_SystemHeader
# self.m_RadarControllerHeader
# self.m_ProcessingHeader
#
# Return: None
# """
# if m_Voltage == None:
# m_Voltage = Voltage()
#
# self.m_Voltage = m_Voltage
#
# self.__path = None
#
# self.__fp = None
#
# self.__format = None
#
# self.__blocksCounter = 0
#
# self.__setFile = None
#
# self.__flagNewFile = 1
#
# self.datablock = None
#
# self.__datablockIndex = 0
#
# self.__dataType = None
#
# self.__ext = None
#
# self.__shapeBuffer = None
#
# self.nWriteBlocks = 0
#
# self.__flagNewBlock = 0
#
# self.flagNoMoreFiles = 0
#
# self.filename = None
#
# self.m_BasicHeader= BasicHeader()
#
# self.m_SystemHeader = SystemHeader()
#
# self.m_RadarControllerHeader = RadarControllerHeader()
#
# self.m_ProcessingHeader = ProcessingHeader()
#
#
# def __writeFirstHeader( self ):
# """
# Escribe el primer header del file es decir el Basic header y el Long header (SystemHeader, RadarControllerHeader, ProcessingHeader)
#
# Affected:
# __dataType
#
# Return:
# None
# """
# self.__writeBasicHeader()
# self.__wrSystemHeader()
# self.__wrRadarControllerHeader()
# self.__wrProcessingHeader()
# self.__dataType = self.m_Voltage.dataType
#
#
# def __writeBasicHeader( self, fp=None ):
# """
# Escribe solo el Basic header en el file creado
#
# Return:
# None
# """
# if fp == None:
# fp = self.__fp
#
# self.m_BasicHeader.write(fp)
#
#
# def __wrSystemHeader( self, fp=None ):
# """
# Escribe solo el System header en el file creado
#
# Return:
# None
# """
# if fp == None:
# fp = self.__fp
#
# self.m_SystemHeader.write(fp)
#
#
# def __wrRadarControllerHeader( self, fp=None ):
# """
# Escribe solo el RadarController header en el file creado
#
# Return:
# None
# """
# if fp == None:
# fp = self.__fp
#
# self.m_RadarControllerHeader.write(fp)
#
#
# def __wrProcessingHeader( self, fp=None ):
# """
# Escribe solo el Processing header en el file creado
#
# Return:
# None
# """
# if fp == None:
# fp = self.__fp
#
# self.m_ProcessingHeader.write(fp)
#
# def __setNextFile( self ):
# """
# Determina el siguiente file que sera escrito
#
# Affected:
# self.filename
# self.__subfolder
# self.__fp
# self.__setFile
# self.__flagNewFile
#
# Return:
# 0 : Si el archivo no puede ser escrito
# 1 : Si el archivo esta listo para ser escrito
# """
# #setFile = self.__setFile
# ext = self.__ext
# path = self.__path
#
# #setFile += 1
#
# if self.__fp != None:
# self.__fp.close()
#
# """
# timeTuple = time.localtime(self.m_Voltage.m_BasicHeader.utc) # utc from m_Voltage
# file = 'D%4.4d%3.3d%3.3d%s' % (timeTuple.tm_year,timeTuple.tm_yday,setFile,ext)
# subfolder = 'D%4.4d%3.3d' % (timeTuple.tm_year,timeTuple.tm_yday)
# tmp = os.path.join(path,subfolder)
# if not(os.path.exists(tmp)):
# os.mkdir(tmp)
# """
# ##################################
# if self.m_BasicHeader.size <= 24: return 0 #no existe la suficiente data para ser escrita
#
# timeTuple = time.localtime( self.m_Voltage.m_BasicHeader.utc ) # utc from m_Voltage
# subfolder = 'D%4.4d%3.3d' % (timeTuple.tm_year,timeTuple.tm_yday)
#
# tmp = os.path.join( path, subfolder )
# if not( os.path.exists(tmp) ):
# os.mkdir(tmp)
# self.__setFile = -1 #inicializo mi contador de seteo
# else:
# filesList = os.listdir( tmp )
# if len( filesList ) > 0:
# filesList = sorted( filesList, key=str.lower )
# filen = filesList[-1]
# # el filename debera tener el siguiente formato
# # 0 1234 567 89A BCDE (hex)
# # D YYYY DDD SSS .ext
# if isNumber( filen[8:11] ):
# self.__setFile = int( filen[8:11] ) #inicializo mi contador de seteo al seteo del ultimo file
# else:
# self.__setFile = -1
# else:
# self.__setFile = -1 #inicializo mi contador de seteo
#
# setFile = self.__setFile
# setFile += 1
# file = 'D%4.4d%3.3d%3.3d%s' % ( timeTuple.tm_year, timeTuple.tm_yday, setFile, ext )
# ##################################
#
# filename = os.path.join( path, subfolder, file )
#
# fp = open( filename,'wb' )
#
# self.__blocksCounter = 0
#
# #guardando atributos
# self.filename = filename
# self.__subfolder = subfolder
# self.__fp = fp
# self.__setFile = setFile
# self.__flagNewFile = 1
#
# print 'Writing the file: %s'%self.filename
#
# self.__writeFirstHeader()
#
# return 1
#
#
# def __setNewBlock( self ):
# """
# Si es un nuevo file escribe el First Header caso contrario escribe solo el Basic Header
#
# Return:
# 0 : si no pudo escribir nada
# 1 : Si escribio el Basic el First Header
# """
# if self.__fp == None:
# self.__setNextFile()
#
# if self.__flagNewFile:
# return 1
#
# if self.__blocksCounter < self.m_ProcessingHeader.dataBlocksPerFile:
# self.__writeBasicHeader()
# return 1
#
# if not( self.__setNextFile() ):
# return 0
#
# return 1
#
# def __writeBlock( self ):
# """
# Escribe el buffer en el file designado
#
# Affected:
# self.__datablockIndex
# self.__flagNewFile
# self.__flagNewBlock
# self.nWriteBlocks
# self.__blocksCounter
#
# Return: None
# """
# data = numpy.zeros( self.__shapeBuffer, self.__dataType )
#
# data['real'] = self.datablock.real
# data['imag'] = self.datablock.imag
#
# data = data.reshape( (-1) )
#
# data.tofile( self.__fp )
#
# self.datablock.fill(0)
#
# self.__datablockIndex = 0
#
# self.__flagNewFile = 0
#
# self.__flagNewBlock = 1
#
# self.nWriteBlocks += 1
#
# self.__blocksCounter += 1
#
#
# def writeNextBlock( self ):
# """
# Selecciona el bloque siguiente de datos y los escribe en un file
#
# Return:
# 0 : Si no hizo pudo escribir el bloque de datos
# 1 : Si no pudo escribir el bloque de datos
# """
# if not(self.__setNewBlock()):
# return 0
#
# self.__writeBlock()
#
# return 1
#
#
# def __hasAllDataInBuffer( self ):
# if self.__datablockIndex >= self.m_ProcessingHeader.profilesPerBlock:
# return 1
#
# return 0
#
#
# def putData( self ):
# """
# Setea un bloque de datos y luego los escribe en un file
#
# Affected:
# self.__flagNewBlock
# self.__datablockIndex
#
# Return:
# 0 : Si no hay data o no hay mas files que puedan escribirse
# 1 : Si se escribio la data de un bloque en un file
# """
# self.__flagNewBlock = 0
#
# if self.m_Voltage.flagNoData:
# return 0
#
# if self.m_Voltage.flagNoContinuousBlock:
#
# self.datablock.fill(0)
#
# self.__datablockIndex = 0
# self.__setNextFile()
#
# self.datablock[self.__datablockIndex,:,:] = self.m_Voltage.data
#
# self.__datablockIndex += 1
#
# if self.__hasAllDataInBuffer():
#
# self.__getHeader()
# self.writeNextBlock()
#
# if self.flagNoMoreFiles:
# #print 'Process finished'
# return 0
#
# return 1
#
#
# def __getHeader( self ):
# """
# Obtiene una copia del First Header
#
# Affected:
# self.m_BasicHeader
# self.m_SystemHeader
# self.m_RadarControllerHeader
# self.m_ProcessingHeader
# self.__dataType
#
# Return:
# None
# """
# self.m_BasicHeader = self.m_Voltage.m_BasicHeader.copy()
# self.m_SystemHeader = self.m_Voltage.m_SystemHeader.copy()
# self.m_RadarControllerHeader = self.m_Voltage.m_RadarControllerHeader.copy()
# self.m_ProcessingHeader = self.m_Voltage.m_ProcessingHeader.copy()
# self.__dataType = self.m_Voltage.dataType
#
#
# def __setHeaderByFile( self ):
#
# format = self.__format
# header = ['Basic','System','RadarController','Processing']
#
# fmtFromFile = None
# headerFromFile = None
#
#
# fileTable = self.__configHeaderFile
#
# if os.access(fileTable, os.R_OK):
# import re, string
#
# f = open(fileTable,'r')
# lines = f.read()
# f.close()
#
# #Delete comments into expConfig
# while 1:
#
# startComment = string.find(lines.lower(),'#')
# if startComment == -1:
# break
# endComment = string.find(lines.lower(),'\n',startComment)
# lines = string.replace(lines,lines[startComment:endComment+1],'', 1)
#
# while expFromFile == None:
#
# currFmt = string.find(lines.lower(),'format="%s"' %(expName))
# nextFmt = string.find(lines.lower(),'format',currFmt+10)
#
# if currFmt == -1:
# break
# if nextFmt == -1:
# nextFmt = len(lines)-1
#
# fmtTable = lines[currFmt:nextFmt]
# lines = lines[nextFmt:]
#
# fmtRead = self.__getValueFromArg(fmtTable,'format')
# if fmtRead != format:
# continue
# fmtFromFile = fmtRead
#
# lines2 = fmtTable
#
# while headerFromFile == None:
#
# currHeader = string.find(lines2.lower(),'header="%s"' %(header))
# nextHeader = string.find(lines2.lower(),'header',currHeader+10)
#
# if currHeader == -1:
# break
# if nextHeader == -1:
# nextHeader = len(lines2)-1
#
# headerTable = lines2[currHeader:nextHeader]
# lines2 = lines2[nextHeader:]
#
# headerRead = self.__getValueFromArg(headerTable,'site')
# if not(headerRead in header):
# continue
# headerFromFile = headerRead
#
# if headerRead == 'Basic':
# self.m_BasicHeader.size = self.__getValueFromArg(headerTable,'size',lower=False)
# self.m_BasicHeader.version = self.__getValueFromArg(headerTable,'version',lower=False)
# self.m_BasicHeader.dataBlock = self.__getValueFromArg(headerTable,'dataBlock',lower=False)
# self.m_BasicHeader.utc = self.__getValueFromArg(headerTable,'utc',lower=False)
# self.m_BasicHeader.miliSecond = self.__getValueFromArg(headerTable,'miliSecond',lower=False)
# self.m_BasicHeader.timeZone = self.__getValueFromArg(headerTable,'timeZone',lower=False)
# self.m_BasicHeader.dstFlag = self.__getValueFromArg(headerTable,'dstFlag',lower=False)
# self.m_BasicHeader.errorCount = self.__getValueFromArg(headerTable,'errorCount',lower=False)
#
# else:
# print "file access denied:%s"%fileTable
# sys.exit(0)
#
#
# def setup( self, path, set=0, format='rawdata' ):
# """
# Setea el tipo de formato en la cual sera guardada la data y escribe el First Header
#
# Inputs:
# path : el path destino en el cual se escribiran los files a crear
# format : formato en el cual sera salvado un file
# set : el setebo del file
#
# Return:
# 0 : Si no realizo un buen seteo
# 1 : Si realizo un buen seteo
# """
# if format == 'hdf5':
# ext = '.hdf5'
# format = 'hdf5'
# print 'call hdf5 library'
# return 0
#
# if format == 'rawdata':
# ext = '.r'
# format = 'Jicamarca'
#
# #call to config_headers
# #self.__setHeaderByFile()
#
# self.__path = path
# self.__setFile = set - 1
# self.__ext = ext
# self.__format = format
#
# self.__getHeader()
# self.__shapeBuffer = (self.m_ProcessingHeader.profilesPerBlock,
# self.m_ProcessingHeader.numHeights,
# self.m_SystemHeader.numChannels )
#
# self.datablock = numpy.zeros(self.__shapeBuffer, numpy.dtype('complex'))
#
## if not(self.__setNextFile()):
## return 0
# return 1
class JRODataWriter():
def __init__(self):
pass